计算化学公社

标题: 求助：用gromacs模拟多层石墨烯和水的吸附过程，NVE能量不守恒 [打印本页]

作者
Author: Xi0rC 时间: 2025-7-8 13:10
标题: 求助：用gromacs模拟多层石墨烯和水的吸附过程，NVE能量不守恒
我的建模规程是用VMD的nanotube builder建的zigzag堆垛的4层石墨烯，以及packmol生成的液滴，然后先进行能量最小化再进行300K的100ps的NVT优化，最后用NVT的末态进行NVE模拟，最下层石墨烯坐标冻结用于模拟石墨烯附着在刚性平面上，立场文件用的oplsaa，把碳原子认定是opls_145，剩下的立场参数没有改，碳原子和水分子的立场参数如下（来源是大师兄查文献来的）
用x2top命令生成的top文件，后来认为层内不应该有1-4原子对的LJ作用，把TOP文件里的pairs信息全部删去。

[ nonbond_params ]
;    i    j    func c6    c12
   opls_116    opls_145          1    3.436e-01 3.556e-01
   opls_117    opls_145          1    2.690e-01 1.602e-01

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-9 05:41
NVT是动力学过程，而不是“NVT优化”。“把TOP文件里的pairs信息全部删去”是完全多余的操作。

由于计算数值误差（受力计算、动力学积分），即便是NVE也不可能能量精确保持不变。用更小的步长、更精确的非键相互作用计算设置，可以让能量守恒性更好。

作者
Author: Xi0rC 时间: 2025-7-9 11:13
谢谢sobereva老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)