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标题: 求助gmx在100ps限制性动力学grompp时原子距离过大报错 [打印本页]

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Author: wbqdssl 时间: 2025-7-8 14:46
标题: 求助gmx在100ps限制性动力学grompp时原子距离过大报错
各位老师好，我在尝试用gromacs2024.5做蛋白-配体的分子动力学模拟。
蛋白配体的结构文件使用的是Desmond模拟300ns后最后一帧的结构，对于蛋白文件，用gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro  -ignh命令处理（因为是测试，力场瞎选的）；对于配体，用sobtop处理，将配体的文件合并到top文件后，依次使用如下命令：
gmx editconf -f complex.gro -o complex_box.gro -bt cubic -box 10 10 10

gmx solvate -cp complex_box.gro -o complex_sol.gro -p topol.top

gmx grompp -f em.mdp -c complex_sol.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2
这个命令打完之后报WARNING 2 [file em.mdp]:
  The largest distance between excluded atoms is 1.504 nm between atom 8576
  and 8585, which is larger than the cut-off distance. This will lead to
  missing long-range corrections in the forces and energies. If you expect
  that minimization will bring such distances within the cut-off, you can
  ignore this warning.

gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral

gmx grompp -f em.mdp -c system.gro -p topol.top -o em.tpr  -maxwarn 1

gmx mdrun -v -deffnm em -pin on -notunepme -ntmpi 1 -ntomp 12

这里输出
Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 193 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy  =  3.1468682e+08
Maximum force    =  1.3912910e+09 on atom 20458
Norm of force    =  6.3254481e+06

gmx grompp -f pr.mdp -c em.gro -p topol.top -r em.gro -o pr.tpr
这里输出
ERROR 1 [file pr.mdp]:
  The largest distance between excluded atoms is 6.952 nm between atom 7246
  and 7261, which is larger than the cut-off distance. This will lead to
  missing long-range corrections in the forces and energies.

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

请问各位老师这是因为什么呢，换gromacs2023.2版本也报错，bash的日志和运行文件都上传了；恳请各位老师指点！
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-9 05:34
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的一点点检查

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-7-9 13:59

sobereva 发表于 2025-7-9 05:34
按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的一点点检查

好的，谢谢社长！

作者
Author: 小马仙人 时间: 2025-8-15 23:00

wbqdssl 发表于 2025-7-9 13:59
好的，谢谢社长！

你检查出来了吗，我现在也出现这种原子距离过长的报错

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-8-16 08:46

小马仙人发表于 2025-8-15 23:00
你检查出来了吗，我现在也出现这种原子距离过长的报错

如果你用的amber力场，可以尝试用https://www.bio2byte.be/acpype/submit/这个网站生成小分子拓扑，再试一次看看报不报错

作者
Author: tptp 时间: 2025-8-16 17:20

小马仙人发表于 2025-8-15 23:00
你检查出来了吗，我现在也出现这种原子距离过长的报错

能量最小化这一步没有收敛，有时候就会报这错误。解决办法是你能量最小化的时候进行两次，第一次用steep，把受力调整为1000，即最大力到1000能量最小化就停止。第二次则使用第一次能量最小化之后产生的gro文件再去生成一个tpr文件，此时mdp文件中的能量最小化方法用cg，把最大受力调整为100。steep加cg共同能量最小化一般都能把体系能量降下来

作者
Author: tptp 时间: 2025-8-16 17:21

wbqdssl 发表于 2025-8-16 08:46
如果你用的amber力场，可以尝试用https://www.bio2byte.be/acpype/submit/这个网站生成小分子拓扑，再试 ...

跟小分子的拓扑文件没有关系，用社长的sobtop就很好用。你上面提供的信息能量最小化有问题，可以试试steep+cg两种能量最小化方法联用。一般能量收下来了到限制性模拟的时候就不会出现这种问题了

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-8-16 17:26

tptp 发表于 2025-8-16 17:21
跟小分子的拓扑文件没有关系，用社长的sobtop就很好用。你上面提供的信息能量最小化有问题，可以试试stee ...

学到了，非常感谢！

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