公社群聊Q&A整理：2016.12.10 09 ~ 2016.12.13 18 Concate - 计算化学公社

2016.12.10 08:06:35
Q:
社长，你刚才所说的黑箱方法是什么意思啊？
A:
傻瓜式方法
菜鸟都能用
Q:
也不见的傻瓜.. 好些人1000+基函数的用高斯跑CCSDt
好些电子态不对的，也用ccsdt跑，但是跑出来以后和DFT计算的差距巨大..
A:
傻瓜是指写输入文件时傻瓜式编写，不是给傻瓜用户用
Q:
这样啊，确实。不用费心思挑选泛函什么的
A:
不是这层含义，傻瓜是指相对于CASSCF那种还得看轨道选活性空间
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2016.12.10 09:03:04
Q:
高斯的主要计算模块是dft吗，还是其他第一性方法？
A:
[图片]
Q:
从某种角度看，高斯是不是非常适合处理化学体系
我接触的vasp在处理固体结构方面有很大的市场
A:
高斯主要算孤立体系
VASP主要算周期性体系
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2016.12.10 17:00:31
Q:
请问各位老师，ORCA可以用来测试波函数的稳定性吗？
请问各位老师，可以测试RI-MP2方法的波函数稳定性吗》
A:
orca没这个功能。你倒是可以做一下激发能计算，如果有负激发能说明不稳定
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2016.12.10 19:14:16
Q:
有人装过cuda版本的 amber 吗？我装完后，bin 文件夹比 cpu 版本的少好多可执行文件。这个怎么解决
A:
如果你是指编译了PMEMD，光编译这不够，你得先编译ambertools，再把PMEMD作为补充内容来编译。
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2016.12.10 20:18:22
Q:
请问把CI和HF结合起来的MCSCF怎么样？我个人认为不怎么样，但是为什么现在写学位论文的时候还有不少人在提及？
(整理Q&A) 就是MCSCF方法
没在大博士的讲义里见过
A:
理论基础那部分绝对讲过MCSCF。只不过没具体给计算例子，在高级班才会专门涉及。算静态相关强的体系、势能面交叉问题有重要意义
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2016.12.10 20:50:44
Q:
看量化计算后波函数分析的结果，咋感觉杂化轨道理论有点难以理解了呢
A:
Six 看看NBO理论，那是强行从基于MO计算的波函数中还原杂化概念（产生了NHO）
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2016.12.10 21:34:58
Q:
大家好谁能帮忙下载这篇文献呀，http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cbic.200300801/abstract 谢谢
用了sci-hub下载不了
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
[图片]
另外，字号不要超过12
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2016.12.10 22:41:55
Q:
各位老师，在用B3LYP-D3优化结构时候总是出现-20多虚频，有的甚至出现两个虚频该怎么解决?已经加了opt（verytight）和int=ultrafine关键词了。
A:
注意别用GD3BJ要用零阻尼
如果用的就是零阻尼，再结合calcall
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2016.12.10 22:45:46
Q:
各位老师我问一下，现在用Material studio发文章的多吗？
A:
多了去了
Q:
大概都是什么方面的期刊啊
现在两眼一抹黑不知道怎么差阅
A:
你在google学术搜索里一搜material studio就完了
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2016.12.10 22:51:07
Q:
老师，用AIM寻找键鞍点的方法分析键长的结果，是不是有时候不准确呢？@Sobereva
A:
那叫键临界点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
这又不是分析键长的，键长一量就知道了
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2016.12.10 22:53:23
Q:
[图片]请问老师的这个博文里如何判断出左边是C1，右边是O6的
A:
你定义绘图直线时候用哪两个原子，左右就对应哪两个
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2016.12.10 22:55:30
Q:
老师，我在高斯里面优化的结构，在高斯view里面看的键长，但是审稿人建议我用AIM再做一下分析，进一步确定是否成键。我在multiwfn里做AIM分析的时候，很多明明成键的，却没有发现键临界点，现在不知道该怎么回复审稿人呢。@Sobereva
A:
有可能搜索BCP方式不合理
有可能所搜参数不合理
有可能本身就不存在
化学键肯定每个都有BCP，但分子内氢键经常没有BCP
可以先用此文方式看看是否理应有BCP
利用约化密度梯度考察AIM临界点的位置
http://sobereva.com/267
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2016.12.10 23:49:51
Q:
老师，我选了好久的态还是没选明白，算完SOS后想选态，用Origin做出图应该依据什么去选态？是只依据前后两个态的高度差么？谁的最大就选谁的，谢谢老师@Sobereva
A:
选态指什么？
和SOS有什么关系
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2016.12.11 00:12:57
Q:
比较合理的电荷转移的激发态，老师
A:
要找电荷转移激发态，直接用multiwfn做electron-hole分析就完了
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2016.12.11 00:24:21
Q:
请问一下大家，寻找过渡态的时候老是死在L103是怎么回事呢？
[图片]这是输入文件
A:
柔性扫描不能定义初值
报错别问lxxx，直接贴错误提示
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2016.12.11 00:26:19
Q:
请问老师，有multiwfn做的pdos、dos相关的博文吗，在网上没有搜到
A:
手册写得极为详尽，找不到有关的博文就看手册，手册里搜DOS
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2016.12.11 00:40:16
Q:
Sob老师，您好，我的反应进行过渡态搜索时，一个催化剂分子筛，两个反应物苯和丙烯，但是催化剂只和丙烯有反应，和苯没有相互作用，是什么原因，是我的分子筛截取的有问题，还是我设的过渡态结构不对
算了好多结构的过渡态，把键长变短后，结果算完还回去，就是不和苯成键，键长都在4.0A左右，后来我又截取了不同酸性位的分子筛，重新算了一遍，结果还是不和苯反应
还算了好多结果正常结束的过渡态，IRC也能正确走通，但是苯和丙烯不成键，不反应
A:
先构思好机理，或者查相关文献，从原理上若确认苯应该参与过渡态但实际不是如此，也许初猜不合适
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2016.12.11 00:54:34
Q:
请问，我这个定量表面分析静电势的负极值部分（O那几行），也是正的？我的方法是mp2/6-311G**
[图片]
我没表达好极大负值那几行（有O标记）的，为什么也是正值？
A:
极大点、极小点是相对于周围数值来说的，可正可负
只不过一般来说数值为正的极大值，和数值为负的极小值才是我们关注的，其它的可以无视
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2016.12.11 01:45:21
Q:
另外，请问如果做波函数分析 m06-2x/aug-cc-pvtz和mp2/6-311++G**，哪个性能更好？
A:
原理上来说最好的肯定是mp2/aug-cc-pVTZ
但对于波函数分析目的，MP2/may-cc-pVTZ的密度已经算是完美了
Q:
是的，但mp2计算量实在太大，我的体系mp2/6-311++G**已经算不动；被迫要用DFT，那DFT选哪几个会好一些呢？
A:
后HF结合小基组还不如DFT结合大基组
具体看你作什么分析，比如分子表面静电势，M06-2X/ma-TZVP的密度已经足够好
Q:
我主要做静电势、AIM和RDG，用M06-2X/ma-TZVP已经足够了吗
又及：我需要较为精确的定量
A:
足够
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2016.12.11 02:05:00
Q:
谢谢！maug-cc-pvtz把H原子的弥散基组减下来，但我的体系有些C-H---O键，这样减下来，对H原子的描述“安全”吗？没办法，机器不行，我想找到一个精度和速度的最佳性价比。
A:
安全
Q:
请问除了m06-2x，还有什么别的dft推荐？
A:
虽然B3LYP这样的描述弱相互作用不灵，但是其密度本身是没问题的，可以用
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2016.12.11 04:28:10
Q:
老师们好。我想请教一下：我想算几个氢键复合物的Boltzmann分布，应当用哪个能量进行计算呢？谢谢！
[图片]
A:
自由能
自由能合理的计算方式看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.12.11 04:30:17
Q:
请问计算含频第一超极化率 out文件给出的x y z分量值[图片] 可以直接用[图片]计算含频βtot吗谢谢大家
A:
用Multiwfn
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
字号不要超过12
用最新版本，仔细看博文
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2016.12.11 04:33:37
Q:
gromacs只能通过置换水分子来添加Na+ 或Cl- 离子吗
A:
如果之前里面填满了水，显然只能置换，要不然哪有地方塞
Q:
哦，sob 老师那如果先添加离子的话可以通过哪个命令实现？？
A:
你完全可以用packmol直接建立离子+溶剂分子体系
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2016.12.11 04:40:22
Q:
请教各位老师，是不是LUMO轨道计算出来的能量越小，代表它LUMO轨道能级越低，越容易接受电子，发生亲核取代反应？
不好意思sob老师，我下次会注意。请教您是不是LUMO轨道计算出来的能量越小，代表它LUMO轨道能级越低，越容易接受电子，发生亲核取代反应？
A:
字号问题不是说你
Q:
好的sob老师，那个结论是我从论文里面看到的，不知道是不是正确，我也想把这句话写在论文里
好的谢谢您我去论坛找一下帖子
A:
没必然性，得明确前提。
算这个更有意义：
[图片]
另外可以看群共享里的Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction
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2016.12.11 04:41:04
Q:
老师程序也没有问我载入哪个频率下的结果啊我用的是[图片]版本
A:
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
[图片]
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2016.12.11 05:09:06
Q:
多有打扰不好意思！祝大家科研顺利事事顺心！
A:
不要重复发相同内容，以刷屏罪论处
事件已记录
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2016.12.11 05:38:08
Q:
老师：您好！对于一种物质（固体），我们用高斯优化，结束后，得到的是气态结构，用multiwfn计算其凝聚相的体积，并且也可以得到其密度，是否可以得到其凝聚相的质量等参数，谢谢！@Sobereva
A:
质量有什么好得到的
有了密度、体积不就知道质量了
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2016.12.11 06:02:00
Q:
老师我优化了100，能量排列出来50个，cluster.xyz最上面显示50，但是往下看50 -100的也在上面显示是为什么呢
A:
看不懂你的问题
cluster.xyz里#Cluster:后面的序号肯定是顺着的，是cluster按照能量从低往高排的序号
Q:
但是能量排布完事，相同结构去除，clustet上面写的50，就应该只有50个构像，但是为什么还是100个呢
A:
cluster.xyz里有100个？
Q:
对
A:
你把isomers.xyz上传
Q:
我也不知道为什么，上面显示50，然后往下拉居然有100个
老师不好意思现在手头没有电脑，文件在电脑上呢
我发现了一个问题，就是最上面写的是50个的数字，但是还是依然有100个构像
A:
不上传文件说不清楚
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2016.12.11 06:12:18
Q:
高斯计算我们得到的能量是a.u;可以换算成J/mol. 用multiwfn,可以估算出质量，我想看看，单个这样的分子所具有的能量，可以估算出来吗？ @Sobereva
A:
算个单点不就完了
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2016.12.11 06:18:41
Q:
老师，我在溶剂下优化了结构并计算频率得到自由能校正，再在溶剂下使用该结构高精度计算单点能，二者相加得到的自由能可靠度高不？和您在文中提到的相比。
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
A:
不高
Q:
您在文中提到如下，这样的最终结果不就是与我刚才说的这二者相加之和吗？
注：对于(2)、(3)情况，当极个别时候气相和溶剂下结构差异大，计算气相自由能时应当先在溶剂模型下优化结构，然后带着溶剂模型做振动分析得到吉布斯热校正量，并加到气相高精度单点下作为气相自由能。当然，之后计算溶解自由能的时候也是用溶剂下优化的结构
A:
当然不是
你相当于在高级别下计算了溶解自由能，精度哪比得上溶剂模型专门参数化的级别
你的这种做法只是一种懒人的近似计算方式
Q:
溶剂模型专门参数化的级别，比如哪些算是？
A:
[图片]
仔细看博文，里面强调了要用M052X/6-31G*结合SMD计算溶解自由能
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2016.12.11 06:58:28
Q:
[图片]用EOM-CCSD算到这里没有内存了，高斯怎么续算呢
A:
续算无意义，重算
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2016.12.11 06:58:28
Q:
还有就是内存单位MW和MB应该如何换算呢？MW是什么意思呢
A:
1MW=8MB
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2016.12.11 07:02:06
Q:
2016年12月份的培训已经结束了吗？
A:
第一届北京科音初级量子化学培训班获得圆满成功！
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4645
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2016.12.11 07:04:26
Q:
[图片]
请教sob老师，在做NCI分析时，做RDG等值面时也可以将RDG值调成负值作出一个等值面来。在散点中并没有负值数据，这里为什么能取出负值来，负的RDG值有什么物理意义吗？谢谢。@Sobereva
A:
蓝色代表和你的isovalue符号相反的情况。你现在设的-0.73，图中又是蓝的，所以和设成0.73看到的绿色是一样的
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2016.12.11 07:12:48
Q:
求助各位大大算三线态能量 [图片]转化fchk的时候出现错误：Missing data for FChkPn.
Error termination via Lnk1e
fchk文件大小为0
尝试重新计算也没有结果
A:
删掉原先的chk重算
还不成就改成单点任务再试能否转换
注意formchk应当和计算所用的gaussian是同一版本同一平台
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2016.12.11 07:14:32
Q:
从RDG的定义式来看应该不能得到负值吧？
[图片]
A:
显然不可能为负值
你看到的就是正值等值面
Q:
哦，原来是这样
A:
[图片]
Q:
Multiwfn可以直接读取一个存有电子密度的gaussian cube文件来计算RDG吗？有的软件（如cp2k、QE）可以输出电子密度的cube，但不能输出wfn格式的波函数文件。
A:
不能
Q:
在以后的版本中可以添加这一功能吗？直接从密度计算RDG
A:
暂时不打算加
密度梯度还得靠相邻格点做有限差分，结果有可能很烂
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2016.12.11 07:26:46
Q:
社长高斯的casscf + mp2的计算能并行的吧..
molpro的caspt2不能并行..
A:
忘了，试试吧
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2016.12.11 18:48:19
Q:
请教各位老师、我优化了简单的基态苯胺分子、但是频率计算总是有一个较大的虚频是怎么回事？虚频在-280左右
[图片]
这个样子的
如果有虚频会对它的能量影响很大吗？
A:
如果初始结构就类似这样，且有Cs对称性，把NH2扭转一下重新优化。实际当中NH2与苯环平面接近共面
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2016.12.11 18:56:51
Q:
各位老师好，我想请教一个问题，就是配合物的生成热怎么计算？
请问谁知道配合物的生成热怎么计算？
A:
配合物的焓减参考物质的焓
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2016.12.11 21:20:11
Q:
能不能帮助解释一下过渡金属比如Rh，Pd能不能和P，N形成共价键
A:
我看了一眼，在默认设定（都直接按回车）时，isostat对isomers.xyz本身就会产生100个簇，显然cluster.xyz里就应该是100个。
除非你把阈值放宽，cluster.xyz里才会少于100个。
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2016.12.11 22:42:36
Q:
群里面的各位大神们，小弟有个爆弱的问题，是不是算拉曼图谱的时候，是不是也要加上频率校正因子呢？（p.s. 我使用的B3LYP/6-31G*级别）
A:
是
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2016.12.11 23:14:37
Q:
老师，请问是等键方程还是原子化方法？
主要是配合物里面有金属，所以不知道怎么处理
A:
得考虑实验上金属体系的原子化焓
看具体情况
能恰当设计计算路径来减小误差那自然好
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2016.12.12 00:25:11
Q:
Sob老师我使用ORCA进行OPT优化出现[图片]这样的错误，请问是什么错误，[图片]这是我的输入文件
A:
可能程序bug
这么点体系没必要用gcp和D3
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2016.12.12 00:38:56
Q:
[图片]
有人知道这是怎么回事么万分感谢
A:
关键词不对
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2016.12.12 00:58:14
Q:
请教各位，Multiwfn中做Hirshfeld surface和Fingerprint plots如何计算各种相互作用所占百分比？
A:
字号不要超过12
注意群共享里群规
没法做这种考察
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2016.12.12 01:03:32
Q:
请教一个问题，我想要wfn格式或fch格式的文件，已经导出pdb格式的数据了，但是哪个软件能够导出wfn格式的文件，我multiwfn介绍中说gaussian可以，但是我没有找到，谁能告诉我一下，谢谢！
A:
pdb只记录结构，必须通过高斯之类程序做一次单点才能得到波函数文件
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2016.12.12 01:13:18
Q:
高斯D.01之前的版本作色散矫正 M06泛函求哪位小伙伴告知
A:
仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
这个之前看过也试过M062X没搞懂关键词是啥
A:
你根本没好好看
没好好看=没看
怎么在高斯里用写得再清楚不过
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2016.12.12 01:31:03
Q:
请问1月份的gromacs培训上课时间安排大概几天
A:
3
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2016.12.12 01:45:39
Q:
Sob老师，您说柔性扫面不用设置初始值，可是确定的三个原子，那么角度不就自然有了吗？不设置也默认了。下面是我的报错[图片]
A:
角度就是初始坐标里的值。这种报错通过调整扫描设置（如步长），或者自行手动做限制性优化来想办法避免
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2016.12.12 03:07:03
Q:
麻烦问一下，为了评估非谐振校正，想做势能面的数值拟合，该怎么算呢？
A:
做势能面扫描，origin一拟合就完了
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2016.12.12 03:11:11
Q:
molcas现在是免费了吗？应该怎么获取呢
A:
计算化学公社里面搜molcas
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2016.12.12 03:14:21
Q:
请教各位大神们，如果考虑一个NaCl晶体系统，摻入一个二价的Rh（用Rh替换一个Na），摻杂之后整个系统应该呈现什么价态呢？
掺入一个铑没问题，如何“掺入一个二价铑”
A:
用2+离子替换一个1+离子，显然体系带+1电荷
但价这种东西不能乱说
Q:
“但价这种东西不能乱说”是什么意思
A:
有些人乱说“价”这个人为YY出来的东西
搞不清楚什么才是真实物理实景
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2016.12.12 04:04:45
Q:
群主，gromacs培训报名什么时候出来
A:
[图片]
Q:
已经准备好
感觉现在科音的培训如同紧缺货物
不抢购就被人抢走了[表情]
A:
恩，gmx培训班人数上限也就比初级量化班多一点
初级班大约通知出来后8天就报满了
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2016.12.12 04:06:07
Q:
各位老师NBO
各位老师nbo里的E2是反映轨道重叠对体系稳定性的贡献，对于通过ππ自聚的二聚体是不是也同样使用？
A:
NBO对于考察弱相互作用，特别是pi-pi堆积这种纯色散的情况，完全一丁点用也没有，只会误导人。NBO框架下根本反映不出色散作用，甚至还会强行给你解释成超共轭
Q:
sob老师我想做下pai-pai堆积过程中的轨道相互作用，用什么方法分析比较好
A:
pi-pi堆积分析轨道相互作用都是邪道
pi-pi作用本质就是色散作用，本质来自于电子库仑相关，哪能用轨道分析
Q:
谢谢sob老师
但是审稿人提了个问题， There is no relation between the study of the monomers and the subsequent dimer analysis. If speaking about the orbital overlap between the monomers in the structure of dimers one could apply some special orbital analysis (e.g. NBO) to dimers.
A:
NBO分析pi-pi那更是鬼扯了
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2016.12.12 04:12:02
Q:
老师，AIMD和经典动力学的区别仅在于势能面的质量吗？（一个用从头算算总能，一个用势函数算总能）其他原理都一样？是这样吗@Sobereva
A:
对于BOMD形式的AIMD，可以这么说
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2016.12.12 04:23:02
Q:
与Pi-Pi staking相关的波函数分析方法除了RDG还有么？
噫仿佛有个LOLIPOP
A:
能量分解
范德华表面穿透程度
Hirshfeld surface分析也有一定用处
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2016.12.12 04:39:05
Q:
http://esl.ecsdl.org/content/13/5/H159.full.pdf+html
求篇文献
谢谢大家
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
[图片]
Q:
哦
这样啊
A:
字号超过12号也违规了
看群共享里群规
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2016.12.12 04:58:34
Q:
Multiwfn是否可以做NTO分析？
A:
不能
multiwfn的electron-hole分析更好用
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2016.12.12 05:03:23
Q:
老师，什么软件可以实现NTO计算。
A:
高斯
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
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2016.12.12 05:10:50
Q:
各位老师，请教两个问题：
1.MS的Doml3模块，结构优化得到一个total energy，网上说这个是0K下的焓值，请问这种说法对么？
2.计算吸附能，就利用优化完之后的total energy和下图的公式计算就可以了，是么？
[图片]
谢谢老师！
A:
dmol3不常用，total energy这个词一般应该是指内能而不是焓
不过在0K下，内能、焓、自由能数值都一样，都是电子能量+ZPE
算吸附能，如果要和实际中放热量对应，原理上应该用实际温度下的焓来求这样的差值
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2016.12.12 05:16:33
Q:
分子动力学学习班是什么样的情况
A:
明天看通知就知道了
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2016.12.12 05:23:44
Q:
请问一下SOb老师，为什么opt加了cartesian后为何还是总Error in internal coordinate system.错误呢
A:
肯定没加对，或者和gdiis一起用了
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2016.12.12 05:32:36
Q:
是这样的老师，我做柔性扫面，没有加Cartesian时候，输入文件设这样的[图片]后来出现了错误，输出文件是这样的[图片]
A:
没关系
跑IRC来确认过渡态是否找对
Q:
我加了cartesian输入文件[图片]输出文件[图片]
A:
柔性扫描当然不能用cartesian
前面提了，这种报错通过调整扫描设置（如步长），或者自行手动做限制性优化来想办法避免
如果两个IRC都正确，则过渡态是相同的，不可能过渡态虚频一个大一个小，除非用的计算不同
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2016.12.12 05:35:03
Q:
老师步长我明白，可是后面的这句话自行手动做限制性优化来想办法避免
，不太明白
[表情]
A:
柔性扫描的每一步就是一次限制性优化
限制性优化时候有更多对策可避免报错
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2016.12.12 05:36:33
Q:
哦哦，明白了，那虚频小是不是说明振动小？
我是因为修改了初始催化剂模型它的虚频才不同的
A:
虚频小说明在TS处在反应坐标方向上势能面曲率不是很负
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2016.12.12 06:01:46
Q:
用线性插值法构造势能面，除了手动做，有什么简单的办法吗
A:
写程序啊
基本算法在Numerical Recipes里都能找到
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2016.12.12 08:01:52
Q:
A:
通知：北京科音自然科学研究中心将于2017年1月18日至20日于北京开办“第一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”，本培训针对广大分子动力学研究者开办，以帮助学员以最好、最快的方式掌握分子动力学模拟的基本原理和最流行的分子动力学程序GROMACS的操作，能够顺利对各种常见类型体系做动力学模拟和分析。本培训由卢天博士（网名Sobereva，是北京科音自然科学研究中心主任、思想家公社群群主、计算化学公社论坛创办者）讲授。本次培训详情和报名方式参见http://www.keinsci.com/workshop/1KGMX.html。欢迎踊跃报名并转发本消息。
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2016.12.12 18:07:33
Q:
咨询一下，下个版本的高斯会什么时候发布呢？能增加什么内容呢？多少钱呢？因为现在需要做个预算，我想查看一下，谢谢指点。
A:
什么时候发布连代理商都不知道。价格肯定会提，但估计不会涨太多
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2016.12.12 18:48:37
Q:
请问，gaussian可以计算荧光吸收光谱吗
A:
Ståtile Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.12.12 18:51:55
Q:
sob老师，请问GROMACS报名的时候能刷老师的公务卡吗，因为现在老师要报销只能刷公务卡，不然得学生自费
A:
公务卡刷不了，可以开具证明《培训费用不支持公务卡支付证明》，然后通过转账方式支付。以前需要刷卡的情况都是这么解决的
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2016.12.12 19:01:11
Q:
请问sob老师为什么我用orca 生成的wfn文件 multiwfn识别不了呢
A:
因为orca产生的wfn文件bug太多。应当用.molden文件作为输入
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2016.12.12 19:04:13
Q:
Sob老师，你写的关于“谈谈轨道成份的计算方法”帖子我仔细的看了一下，也对例子进行了计算，但是HOMO轨道中每个原子的成键系数的平方(即HOMO轨道中每个原子的电子密度)还是没有看太懂，你能给我讲一下吗？
A:
那不叫“成键系数”
建议你仔细看看群共享里的《分子轨道成分的计算》
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2016.12.12 21:12:28
Q:
Sob老师请问ORCA计算的时候出现这个异常情况[图片]，[图片]这个是出入文件，请问是什么问题
A:
看输出文件里具体信息
Q:
[图片] Sob老师，我实在出现以上文字之后停止程序的，输出文件末尾是上图
A:
光从这上看不出来什么
一般来说，算频率能用高斯还是用高斯，ORCA算单点比较理想，算频率往往不太稳健
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2016.12.12 21:12:28
Q:
算频率时，出现Error in internal coordinate system，咋办？加 cartesian也不行。
A:
光算频率应当不会出现这个，优化才会出现
Q:
# freq=modelmodes oniom(b3lyp/6-31g(d):amber=hardfirst) nosymm geom=connectivity
Berny optimization.
NTrRot= 233 NTRed= 485 NAtoms= 86 NSkip= 233 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
A:
你还是上传输出文件吧
不优化的话不应当有Berny optimization这样的提示
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2016.12.12 23:56:29
Q:
老师，我想问一下，我把gaussian算出来的坐标拷贝到SIESTA里，算分子动力学，得到的能量和之前gaussian中的能量是不是没有可比性
单位统一后，差别比较大
不能直接把gaussian的坐标放到SIESTA里去算吧
恩，我是用gaussian算的，然后用SIESTA跑的动力学，会把SIESTA能量的曲线变化放到文章里，这样可以吧
A:
只给出SIESTA的曲线可以。
高斯里的能量和SIESTA给的能量之间是没有可比性的。
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2016.12.13 00:04:06
Q:
sob老师虚拟机中用的系统是何系统？redhat，centos，opensuse，fedora还是其它？gromacs版本是多少？
忘了问了虚拟机是vmware，virtualbox还是其他。
A:
centos7.2
gmx2016.1
都是最新的
Q:
对笔记本配置要求搞么老师？我的是联想 G460，2010年买的，不知能不能满足培训班需求
A:
双核，内存>=2GB就够
Q:
大博士，能把RHEL的镜像传一份吗
A:
先不要急，过些天就会把从安装linux到安装gmx的完整录像放出来
建议装CentOS，界面和RHEL一样，但完全免费，用不着再去配置免费的源
Q:
库文件都不少吧？还有编译器都一样吗
A:
严格按照视频里的过程编译，保证100%一次顺利装成功
如果非要用乱七八糟的其它系统、编译器，那就得自己折腾了
Q:
我觉得大博士也把虚拟机以及安装Centos也演示一下吧
A:
会的
Q:
Centos镜像自己下载还是大博士给？
娃娃我们等下吧，sob老师的服务必然是很全面细致的，从他写的帖子就能看出来
卖萌君上午给我订上辽宁的标签我就预感到赵老师也要来
A:
我要是不给绝对有好多人问哪里下，所以显然我不得不给
Q:
估计是intel编译器
A:
gcc
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2016.12.13 00:04:06
Q:
问个问题呀，博士论文在科研中，大致相当于什么水平？
[表情]大博士真是小白的福音
在国内，博士论文是不是代表这个研究组最好的研究成果？
为什么我觉得学位论文没那么好
国内的
A:
是的。很多论文小一半乃至一半都是抄来凑字的
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2016.12.13 00:43:32
Q:
sob老师，如果我用老师这个帖子http://sobereva.com/163，怎么应用，引用Multiwfn可以不
A:
先引Multiwfn原文，然后想引这个博文也可以直接引。一般期刊都是允许引用网页的。如果不印网页，就说用Multiwfn计算绘制的，具体方式在文中说一下即可。
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2016.12.13 01:52:51
Q:
[图片]卢老师，扫描一个有机小分子的激发单重态的势能面这个是我的输入文件，您看是哪里出了问题？怎么计算出来的结果和基态的一模一样啊？
A:
没写TD啊
Q:
只需再加个TD就好了？
A:
y
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2016.12.13 02:01:13
Q:
sob老师，分子动力学里面，会涉及到表面张力么？上次听你说有这部分内容
A:
会有表面张力的计算
Q:
您能用很通俗的语言，说明具体什么是表面张力吗？感觉好抽象。我理解的是: 表面张力越大，越容易起泡
A:
建议你看看物理化学书
说俗一些，就是表面张力越大的液体，越不喜欢增加表面积，因为增加同等表面积自由能增加得越多
Q:
或者老师出个书也行。。。
表面张力越大，越容易起泡，实际应用中是不是这种现象呢？像荷叶上的水
A:
荷叶上的水珠又不是泡
Q:
对
A:
看物化书足够理解了，一本看不明白就换一本，或者google
Q:
水中加入庚醇，水表面大量气泡
加其他的如甲苯就没有
我理解成庚醇的表面张力大，不知道对不对？
A:
庚醇起到的是表面活性剂的作用
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2016.12.13 02:06:37
Q:
老师培训内容的先后顺序是按照网站上给定的顺序进行吗？因为最后一天有事，下午可能来不及在那听课了
A:
顺序可能发生变化，估计培训前一周发布的第二轮通知里才给具体安排
Q:
好的，老师是满满的三整天吗？
A:
是啊
通知：2017年1月18日的gromacs班现在只剩几个名额了，对于明确要参加这一届的学员，请尽快提交报名表。培训信息详见www.keinsci.com。很有可能明天就要截止报名了。
Q:
两个人可以同时报名吗
还是需要分别填写报名表？
A:
可以发同一封邮件，但是附件里的报名表请两个人分开，便于统计，免得弄乱
Q:
我的天哪，一天之内就挤满了……
还没来及报呢
今天刚公布的啊
A:
是的。很多人等了这个班很久了，一下子爆发了
Q:
比如说我
A:
第一届初级量化班第一天就报了30多个，现在这个班形势更厉害
Q:
[表情]80多个名额确实少了点
估计等到高级班结束了的再去上海的吧
A:
懒得动身，外地开班在弄场地方面也很麻烦
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2016.12.13 02:18:58
Q:
老师准备出视频讲义吗？
A:
不
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2016.12.13 02:25:08
Q:
请问这句话是什么意思？
if the authors carry out a full geometry optimization or an optimization under constraints to emulate the effects of the larger CN structure.
A:
问你是做的全优化还是限制性优化
Q:
限制性优化一般限制什么？
A:
诸如冻结原子的笛卡尔坐标，或者冻结某些键长、键角、二面角之类
Q:
对哦，我固定了，一些原子的坐标
难道是说这个
A:
对
你得在文中说清楚这点
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2016.12.13 02:26:56
Q:
请问一下分子内氢键的能量可以做分解吗？
A:
你可以把体系修改一下，拆成两个片段，按照分子间来讨论
psi4程序的SAPT目前可以对片段间直接做能量分解
IQA也可以直接讨论原子间的各种成份的相互作用，能达到你的目的，但特别耗时
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2016.12.13 02:31:51
Q:
哦哦，请问固定原子，和全优化差别大吗？我当时全优化后结构发生了变形，所以我固定了一些原子，再去优化，才得到我想要的结构，这样没问题吧？
A:
固定得有明确物理意义，如果说不清楚为什么非要做固定才能得到希望的结果，审稿人未必同意
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2016.12.13 02:34:04
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
[表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情][表情]
A:
请勿发大图刷屏
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2016.12.13 02:37:31
Q:
问一下有没有相关IQA的帖子谢谢
A:
没有帖子，可以看看相关文章J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 90-102、J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1096-1109
AIMALL可以做IQA，未来打算令Multiwfn也能做，但是是基于另外一种新的形式，届时计算速度比起AIMALL快得多得多，能用到较大体系
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2016.12.13 03:32:46
Q:
[表情]
正想晚上报名呢
A:
付款之后的才能入群
Q:
今天刚公布的，以为报名不会晚呢
谁中途有事无法参加，可以转给我哈
A:
Xiaomian 你的情况先记下了，如果到时候有因故来不了的会通知你
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2016.12.13 03:38:59
Q:
请问会开办molpro和turbomole的培训吗
A:
不
Q:
为什么啊，因为使用的人少吗
A:
不过到后年预计开办的高级班里面会讲一些molpro，因为有些高级理论只有molpro能做
凡是高斯能做得很好的任务，不会讲怎么用molpro实现的
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2016.12.13 03:40:46
Q:
请问老师，明年基础班大概是定在七八月份吗？
A:
量化基础班暂定明年5月
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2016.12.13 03:43:38
Q:
Sob老师，你以后开不开lammps培训班？如果能开就好了，秒掉那些乱七八糟不靠谱的lammps班
A:
短期内还没这个打算
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2016.12.13 04:24:06
Q:
我觉得Multiwfn可以再开一次班了
暑假可以考虑一下了
A:
可能明年三月和下一届量化初级班合在一起，但也可能放在明年暑假
基本上一年半一次
Q:
我觉得和2015年一样，量化暑假班和Multiwfn班放在一起
A:
暑假打算安排第二届gmx班
反正都没定呢，到时候看情况
Q:
第二届比第一届多内容吗？
A:
多1/4吧
我以为你说的Multiwfn和上一届比
Q:
[表情]
A:
动力学班反正每次也会增补一些，但都是随性
----------------------------------------------------
2016.12.13 04:34:39
Q:
老师，请问可以用gausss算衬底上的团簇结构吗？如果可以应该添加什么关键词？
高斯，不好意思，写错了
A:
不是关键词的事，是建模的事
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2016.12.13 04:40:53
Q:
[图片]molcas安装完成之后，我该怎么调用呢[表情]
A:
直接用就完了
诸如molcas [输入文件名]
Q:
需要把环境变量设置一下吗
把molcas这个命令设置到bin这个文件夹下面？
A:
安装时自动就把可执行文件弄到主目录的bin目录下了
----------------------------------------------------
2016.12.13 04:52:04
Q:
gromacs培训班人数已经满了？这么快啊，还想等今天事情忙完，明天去财务问费用如何支付再报名呢
A:
85人已满
----------------------------------------------------
2016.12.13 05:03:17
Q:
sob老师报名成功但是还没来得及缴费算吗
A:
算
----------------------------------------------------
2016.12.13 05:11:17
Q:
这次动力学班太火了，主要这个培训憋的时间太久了[表情]建议sob明年再开一次这个班，人肯定还不少
A:
预计明年暑期会开下一次
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2016.12.13 05:17:34
Q:
求助一篇文献http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%283fba4404a570f95b8890c40522826f62%29&ie=utf-8&filter=sc_long_sign&sc_ks_para=q%3DHydrogen-intercalated+Niobium+Diselenide&tn=SE_baiduxueshu_c1gjeupa，非常感谢！
A:
字号勿超过12，注意群共享里群规
----------------------------------------------------
2016.12.13 05:22:39
Q:
请问sob，高斯的两个scan计算，能量扫描面能结合在一起吗？
A:
单独两次scan任务肯定没法结合到一起
----------------------------------------------------
2016.12.13 05:48:47
Q:
老师，linux下文件中如果存在****这种特殊符号如何替换成数字，折腾好久了
A:
看具体情况，如果是输出宽度太小导致过大的变量没法输出，你只能改源代码把输出格式调整一下
Q:
就是这样Charge=**** Atoms= 2，我想换成Charge=8.0 Atoms= 2
A:
按照格式自己填上呗
Q:
因为文件100多个手动修改太麻烦
A:
写脚本
Q:
恩有没有像sed "s/****/8.0/g"
A:
也有
Q:
有没有像这样的命令
可以一次性该的
但是好像*比较特殊，我每次输入都失败[表情]
A:
不会用命令的话，全都用ultraedit打开，选择替换，然后选择对全部打开的文件来替换
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2016.12.13 05:50:47
Q:
大博士，下载GMX的地方有这个东西，十分必要吗？[图片]
A:
不用
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2016.12.13 05:53:07
Q:
[图片]这四个版本算是最新的，我下载的是十月份的
我们需要安装哪个版本？
A:
2016.1
现在先不用着急鼓捣这些
Q:
sob老师，初学的话，看什么资料比较好？
想提前知道知道理论
A:
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)
Q:
送给大家一句话，在我分享的中文版手册里的开篇
[图片]
A:
不建议看翻译版手册
Q:
我也分享了英文版，最新的
A:
1 英文版手册更新体现不出来
2 看翻译过的手册搞不懂相应的英文单词，而程序本身又是英文版的。
我不认为专业的程序有翻译成中文版手册的任何必要
Q:
[表情]那我修改一下吧
A:
手册到官网看就行了
http://manual.gromacs.org/documentation/2016.1/index.html
Q:
我传了一份到网盘里，怕那些懒人不知道哪里下载
A:
不用折腾这些，到时候用到的各种资料在培训班的网盘里都会提供
----------------------------------------------------
2016.12.13 06:05:57
Q:
啊啊啊，没报上名，怎么办？要哭死了
A:
等下一届吧，预计明年暑期
----------------------------------------------------
2016.12.13 06:31:06
Q:
sob老师，我opt过程用了qc，再stable检测到此时收敛到的波函数不是最稳定的，得到了另一个波函数。那这时候优化到的结构还能用吗？下一步freq该用怎样的结构呢？
A:
不能。qc容易造成这种麻烦
要么你算一次单点，用stable=opt，来得到稳定波函数并存到chk里，然后优化时候guess=read；要么就不用qc而改用别的方式来解决不收敛，这样来做opt
Q:
是的，我qc优化到结果，波函数不稳定，已经stable=opt得到了稳定的波函数。那就可以把优化到的结构当成我需要的结构进行下一步计算，并且可以读取稳定的波函数算频率了吧？
但qc得到的波函数不是最佳的，会不会使得我的结构也其实不是合理的优化结构呢？
A:
显然结构还得继续优化
----------------------------------------------------
2016.12.13 06:31:06
Q:
老师能否增加名额呢
A:
除非之后有发邮件说不来的，否则没法加
----------------------------------------------------
2016.12.13 07:21:59
Q:
听说现在有的大学科研人员是“计件工资”，每次他引200RMB啥的～
至少我靠你的程序练了一下Fortran
OA:
可有此事？
计件工资？
Q:
不知道
什么意思
OA:
第一次看成200MB，然后感觉和计件工资放在一块儿毫无违和感
懂了。。
好像是有的，不就是文章奖么
我记得偶然有一天翻学校网站的时候看到过
[图片]
[图片]
[图片]
算下来一次引用也差不多233
333
价格比较平稳
A:
科￥研
Q:
符合市场规律，没有哄抬物价，赞
不不不，以最高档计费
所以应该用（10000-4500)/30
发篇自然奖励35-40万
四线城市一套房
美帝那帮教授应该来中国，每天坐等引用数上涨就行了
科￥研，深刻
A:
说来Research gate的个人资料里现在都把累计IF这项给取消掉了
Q:
就跟买了个股票似的
A:
google学术也不统计IF
国内风向早晚也要变
Q:
再不变都玩不下去了
OA:
总要有个评价标准。。。
Q:
不看IF，那就只能看引用
OA:
至今觉得researchgate的rg因子很有趣
peer review233
Q:
不看引用，那就只能看影响
A:
RG因子有点区分度不够
Q:
一切都成了套路，套路毁灭一切
毕竟rg因子是为了社区活跃度搞的嘛
A:
等国内变成引用次数为风向标，肯定又有一大堆**交易
----------------------------------------------------
2016.12.13 07:40:29
Q:
@Soberevagromacs没报上名，还快啊。sob先生暑期一定要开班啊，等了好久了。蓝瘦香菇[表情]
A:
[表情]
----------------------------------------------------
2016.12.13 12:24:27
Q:
谢谢 sob 老师还有一个问题我在用AIM做difference map of electron density 梯度图的时候，将一个复合物拆成两个片段看片段与整体的电子密度变化时，为什么电子密度并没有发生变化呢？是我的体系本身就不产生任何电子密度的变化还是我的参数哪里需要调节呢，可是通过CDA拆分能够看到电子转移的情况。所以感到不是很理解。
A:
这跟AIM有什么关系
Q:
哦
A:
就按这个帖子做就行了
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
好的谢谢老师
sob老师我就是按照这个步骤来的可是得到的电子密度变化图并没有变化
[图片]
A:
这是电子密度图，不是密度差图
绘制密度差图要按博文里说的用自定义运算功能设定减去片段
Q:
对的我就是将一个整体拆成了两个按坐标顺序拆成两个fragment 然后提交的作业
然而最后得到的还是只有电子密度的图
A:
确保片段的坐标与整体一致
说不清楚就把整体和片段的输入文件传上来
Q:
哦我知道了在加入片段的时候要在前面加-，
我没有加
A:
[表情]
----------------------------------------------------
2016.12.13 14:41:21
Q:
老师你好优化对称性比较高的分子出现虚频是不是应该先解除对称化限制再按虚频模式在gview下调整呢？
A:
如果虚频模式是冲着破坏当前对称型方向的，直接在gview里按照虚频移动，保存新的结构，重新opt freq
Q:
我按照虚频移动调整保存完重新 opt freq 但是完事之后打开out.文件还是那种对称结构
虚频和之前那次一样
A:
calcall
Q:
嗯就是说在gview下的调整这种方法不合适吗
A:
合适
不知你具体怎么搞的，至少加了calcall几乎总奏效
Q:
我重新把初猜结构调整一下，破坏了对称性后没用calcall，虚频消失了，这样是不是也可以呢？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.12.13 16:15:33
Q:
老师打扰了，MS中什么格式的文件导入到multiwfn 可以做等值面图呢？
A:
.grd
Q:
嗯，谢谢老师
老师只要是这种格式，只要你想做的图就能在multiwfn做出来是吧？
差分电荷图也是一样是吧。
A:
意义不明
.grd是格点数据格式，里面已经是MS算好的格点数据，载入Multiwfn里只不过是显示出来而已（一般用主功能0将之作为等值面图显示）
远不像诸如.wfn、.fch文件那样能做各种各样的分析
如果你已经有多套.grd文件，要求差，利用Multiwfn主功能13里的格点运算功能
----------------------------------------------------
2016.12.13 17:26:38
Q:
应该有区别，台式机运行时风扇呼呼转，发热，cpu在工作。不工作时就不发热
A:
可以其它溶剂，取决于介电常数
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