各位老师好，我做的是N2纳米气泡水加原油组分的体系，目前做的是正庚烷组分对于纳米气泡水稳定性的影响，首先swissparam通过在Marvin JS画出分子结构式,最终得到压缩包，压缩包中含有MOL2，PDB文件，然后用ATB and repository将pdb文件转化为GROMACS可用的itp文件。我编写inp文件时是通过理想状态气体方程计算分子数量，接着又用Packmol构建了15nm*15nm*15nm的盒子，跑出system.pdb文件,然后改写了总的拓扑文件topolxb.top。在进行能量最小化输入gmx grompp -c top/1.pdb -f mdp/em.mdp -p top/topol.top -o em.tpr,得到em.tpr文件，然后进行控温模拟nvt，输入gmx grompp -f mdp/nvt.mdp -c em.gro -p top/topol.top -o nvt.tpr但是输入gmx mdrun -s nvt.tpr -deffnm nvt报错，显示遇到了一个内部错误，具体是总势能异常高的问题。
我在公社找到了解决办法，说检查初始结构和拓扑文件，但是在我修改了初始结构以后也还是同样的报错。我试过增大盒子尺寸，但是依然报错原子重叠。我也改过很多次inp文件里的number，但是总是出现势能过大，初始构型可能未正确平衡，导致原子之间存在重叠或过大距离。我不太明白应该如何计算正确的分子数量，还是说我的解决方式出了问题。
我把我用到的文件和报错信息都放上来，麻烦老师可以帮助我看一下到底哪里出了问题。
| 欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) | Powered by Discuz! X3.3 |