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标题: 建模膜蛋白-配体体系时，小分子配体被错误识别为聚糖该如何修改？ [打印本页]

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Author: Nancylee0416 时间: 2025-7-9 10:43
标题: 建模膜蛋白-配体体系时，小分子配体被错误识别为聚糖该如何修改？
求助大家，使用charmmgui生成膜蛋白与阿霉素的POPC膜-膜蛋白-配体体系时，总是将阿霉素DM2错误识别为聚糖配体，应该如何修改？
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在charmmgui中识别为glycan
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我的处理步骤如下：
1，获得复合物结构traj4.pdb。蛋白已补全为protein.pdb，小分子配体通过Avogadro生成input.mol2，经过Gaussian识别计算生成input.chk，并转换为fchk文件，经过multiwfn计算包含RESP电量的input.chg文件，并将电荷量与mol2文件合并为output.mol2文件。
此步骤是否需要？在计算过程中小分子带电量一直是0，是否正确呢？求助如何计算小分子配体带电量？

2.将output.mol2与protein.pdb共同保存为complex.pdb，在OPM网站中下载的具有膜位置的蛋白模版文件，用Chimera将complex.pdb与模版文件进行align对齐，获得protein_align.pdb。
这样就可以使charmmgui在膜位置的选择时建立在正确位置，不然在没有align的结构位置会不在相应的α螺旋区域。
此处也求助，是否需要align？在charmmgui中如何调整膜的位置呢？

3.上传protein_align.pdb到charmmgui后，也没有选择配体的选项。
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在网上查到处理方法中需要这样设置
(, 下载次数 Times of downloads: 122) 另，之前纯蛋白体系用charmmgui腱膜模拟运行成功，蛋白体系应该没有问题。

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