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标题: 求助用cp2k产生的xyz轨迹文件在gmx中做MSD分析的问题 [打印本页]

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Author: 19821838673 时间: 2025-7-9 12:03
标题: 求助用cp2k产生的xyz轨迹文件在gmx中做MSD分析的问题
各位老师们好，我是第15届GROMACS培训班的学员，因为刚接触分子模拟没多久，对于很多计算还处于一知半解的阶段。目前我在做一个AIMD计算，前期用CP2K生成结构的轨迹文件（7ps)，后在gmx中通过输入“gmx_mpi msd -s structure-1.gro -f structure-3.trr -trestart 0.05 -endfit 7”进行MSD分析，然后出现了如下报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 211)

想请各位老师帮忙看一下我的轨迹文件以及gmx输入文件是否正确，并提出宝贵的建议，对于一个新手而言真的表示万分感谢！！附件中是源文件，请各位老师下载查看~

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Author: sobereva 时间: 2025-7-9 21:13
去掉 -endfit 7再试

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Author: 19821838673 时间: 2025-7-10 09:08

sobereva 发表于 2025-7-9 21:13
去掉 -endfit 7再试

好的老师，我试一下。感谢您的回复！！

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-7-10 13:41
本帖最后由 19821838673 于 2025-7-10 13:42 编辑

sobereva 发表于 2025-7-9 21:13
去掉 -endfit 7再试

老师，按照您的提示，我试了一下，最后出现这样的报错，请问可以从哪方面调整呢？
Error in user input:
Too few selections provided

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-10 22:40

19821838673 发表于 2025-7-10 13:41
老师，按照您的提示，我试了一下，最后出现这样的报错，请问可以从哪方面调整呢？
Error in user input:
...

你得贴出来你在交互式界面里输入的所有内容，并且把窗口截图截完整，体现从最开始到最后的所有信息

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-7-11 14:42

sobereva 发表于 2025-7-10 22:40
你得贴出来你在交互式界面里输入的所有内容，并且把窗口截图截完整，体现从最开始到最后的所有信息

(, 下载次数 Times of downloads: 198)

老师，我是在超算中心提交的任务，这是脚本文件，.gro和.trr文件都在前面上传过，最后的输出文件，频繁提示一个错误，如下所示：

(, 下载次数 Times of downloads: 196)

非常感谢老师您百忙之中的回复，目前就是以上描述的错误，可以的话请老师帮我检查下前面AIMD的轨迹文件和gmx输入文件是否合理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-11 22:44

19821838673 发表于 2025-7-11 14:42
老师，我是在超算中心提交的任务，这是脚本文件，.gro和.trr文件都在前面上传过，最后的输出文件，频 ...

用下文我提供的gromacs windows版。起码我这里没出现问题
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）

完全没必要在服务器上跑这些后处理分析，徒增麻烦

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-7-11 22:56

sobereva 发表于 2025-7-11 22:44
用下文我提供的gromacs windows版。起码我这里没出现问题
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支 ...

好的老师！每天最开心的事情就是收到您的回复！我在windows版本中运行下！再次感谢卢老师[抱拳]

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-7-12 17:15
本帖最后由 19821838673 于 2025-7-12 17:16 编辑

老师好~我用了您说的方法在windows下运行了msd分析，输入命令为gmx msd -s structure.gro -f structure-1.trr -trestart 0.05 -endfit 7 -rmcomm，对Na的MSD进行了拟合，曲线如下图所示：

(, 下载次数 Times of downloads: 127)

扩散系数为：D[ Na] 1.4139 (+/- 0.3905) 1e-5 cm^2/s。请老师帮忙看看趋势是合理的吗？

另外，目前项目中要做两个图，在文章中很少见，想让老师您指点下，有没有具体的实现路径。（对应的文章和图片附在附件中）
目前的想法是：第一个图是否可以用7ps的MSD和空间分布函数（您在补充视频里有提及）来作图，文章里的右图暂时还没思路，SI中原始公式是van Hove相关函数。
请卢老师赐教，我将不胜感激！

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-7-14 16:50

19821838673 发表于 2025-7-11 22:56
好的老师！每天最开心的事情就是收到您的回复！我在windows版本中运行下！再次感谢卢老师[抱拳]

请卢老师抽空指点一下，因为确实有点着急，但是又没什么思路

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)