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标题: 求助sobtop生成的拓扑文件各项含义 [打印本页]

作者
Author: oillio 时间: 2025-7-9 14:45
标题: 求助sobtop生成的拓扑文件各项含义
想请教一下各位老师，sobtop生成的GAFF/AMBER力场下的拓扑文件中，①functype；②[bonds]列中的r0；③[dihedrals]列中的phase(Deg.) 、kd(kJ/mol) pn ；④[angles]列中的a0 (Deg.)、k(kJ/mol/rad^2)都分别是什么意思？感谢老师的解答。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-9 21:31
1 function type。看gromacs手册的拓扑文件部分
2 成键项参数，括号里是单位，属于分子动力学研究者的最基本常识。参考gromacs手册的力场部分的介绍，并且在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）讲力场的部分我也专门详细讲了

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