计算化学公社

标题: pdb2gmx中因原子在力场拓扑模板条目未找到，导致拓扑生成失败如何解决 [打印本页]

作者
Author: lllllt 时间: 2025-7-9 16:30
标题: pdb2gmx中因原子在力场拓扑模板条目未找到，导致拓扑生成失败如何解决
本帖最后由 lllllt 于 2025-7-9 16:32 编辑

Fatal error:
Atom P in residue U 1187 was not found in rtp entry RU5 with 28 atoms
while sorting atoms.

已经试着使用 pdb4amber 或 pdbfixer[自动修正原子命名和残基格式，但还是报错

(, 下载次数 Times of downloads: 199) (, 下载次数 Times of downloads: 192)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-9 21:26
弄清楚你截图的部分是不是报错提示对应的那个残基

作者
Author: lllllt 时间: 2025-7-11 10:16

sobereva 发表于 2025-7-9 21:26
弄清楚你截图的部分是不是报错提示对应的那个残基

应该是吧就是这个U

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)