标题: MCPB建立的金属离子蛋白-小分子拓扑立场进行限制性动力学时频繁报错 [打印本页] 作者Author: SUOLQWEE 时间: 2025-7-10 18:09 标题: MCPB建立的金属离子蛋白-小分子拓扑立场进行限制性动力学时频繁报错 我在模拟一个锌离子蛋白和小分子配体的体系时，使用MCPB构建立场（sob老师的sobtop虽然做这步简单，但是没有系统的教程，本小白上手有点困难），将立场转换为gromcas后，直接进行能量最小化（使用两步）和限制性动力学，在进行限制性动力学时频繁报错（One or more water molecules can not be settled或too many lincs warning等），尝试修改mdp文件参数等多种方法均无法解决，故求助各位前辈给出建议，我建立好的gro文件和top文件以及用到的em.mdp和pr.mdp见附件。