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标题: 求助：gromacs模拟锌指结构蛋白质的力场选择与ZN处理是否正确 [打印本页]

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Author: 王泽梁 时间: 2025-7-10 20:41
标题: 求助：gromacs模拟锌指结构蛋白质的力场选择与ZN处理是否正确
各位老师好，前些日子我用GROMACS对一个含有3个锌指结构的蛋白质与相关小分子进行分子动力学模拟，我选择的是CHARMM36全原子力场，TIP3P水模型，小分子我选择的是CGenFF，模拟完之后我用PYMOL打开发现锌指结构中的锌离子到处乱飞，于是便在topol文件中加入如下命令：
[ intermolecular_interactions ]
[ bonds ]
; ai aj type bA kA bB kB
1438 94 6 0.230 1000.0 0.230 1000.0
1438 161 6 0.230 1000.0 0.230 1000.0
1438 386 6 0.200 1000.0 0.200 1000.0
1438 465 6 0.190 1000.0 0.190 1000.0
1439 589 6 0.230 1000.0 0.230 1000.0
1439 643 6 0.230 1000.0 0.230 1000.0
1439 855 6 0.210 1000.0 0.210 1000.0
1439 929 6 0.200 1000.0 0.200 1000.0
1440 1044 6 0.230 1000.0 0.230 1000.0
1440 1086 6 0.230 1000.0 0.230 1000.0
1440 1316 6 0.200 1000.0 0.200 1000.0
1440 1388 6 0.200 1000.0 0.200 1000.0

并在所有的.mdp文件中加入了如下：
disre = Simple
disre-weighting = Conservative
disre-mixed = no
disre-fc = 1.0
disre-tau = 0
nstdisreout = 100

其余操作未变，最终得出来的动力学结果在PYMOL上看锌确实被约束住了，约束锌离子前后的RMSD结果如下，但因为学识浅薄，我一直怀疑我的操作和力场选择有误，请问各位老师指导解惑。

作者
Author: student0618 时间: 2025-7-10 22:00
zinc结合的残基sidechain有没有去氢

作者
Author: 王泽梁 时间: 2025-7-10 22:13

student0618 发表于 2025-7-10 22:00
zinc结合的残基sidechain有没有去氢

您好老师，请问与锌结合的氨基酸残基没有去氢的影响是什么呢，去氢之后会有什么变化嘛

作者
Author: 王泽梁 时间: 2025-7-10 22:16

student0618 发表于 2025-7-10 22:00
zinc结合的残基sidechain有没有去氢

老师，我在蛋白子拓扑的时候用过-ignh，其他就没有针对蛋白质的任何氢做过处理了

作者
Author: 王泽梁 时间: 2025-7-10 22:39

student0618 发表于 2025-7-10 22:00
zinc结合的残基sidechain有没有去氢

老师您好，我刚刚回去观察了一下我蛋白质的结构，与zinc直接连接的硫原子与氮原子都是没有氢的

作者
Author: 王泽梁 时间: 2025-7-15 17:30
求求大佬们看一下

作者
Author: zzz666 时间: 前天 12:38

王泽梁发表于 2025-7-15 17:30
求求大佬们看一下

请问解决了吗？我也遇到了同样的问题

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