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标题: OpenMM有没有可能成为以后最强的MD程序？ [打印本页]

作者
Author: ChaosChiao 时间: 2025-7-11 10:50
标题: OpenMM有没有可能成为以后最强的MD程序？
最近看了一下OpenMM，感觉优点还是蛮多的，速度快，而且非常灵活，尤其是对深度学习方面的一些支持，感觉领先其他MD程序一个身位。
各位大佬怎么看？

作者
Author: Aletyx 时间: 2025-7-11 16:57
听老师上课讲课，说openMM比较好（他们组也做openMM开发）。

虽然我自己没用过，但是看过他们的文档。我比较喜欢他们在python里面调用openMM做计算的逻辑。虽然LAMMPS也可以做类似事情，但总感觉LAMMPS的python interface做的并不好。此外ASE的MD速度慢，而且也不robust。如果有机会我肯定会尝试openMM。

作者
Author: student0618 时间: 2025-7-11 18:23
他支持不同functional form，对使用者也算是比LAMMPS友好，感觉是力场开发者的工具/玩具。

User friendliness方面，尤其是生物分子方向，还是GROMACS跟Amber易用、普适、功能齐全，遥遥领先其他软件。(纯属个人意见)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-11 22:10
对于大宗普通动力学研究者（而非力场/方法学开发者、极度追求灵活的人来说），GROMACS的地位稳如泰山。当前帖子标题过于夸大了。

GROMACS速度极快，功能全面，用户规模远超其它任何动力学程序（对比见http://sobereva.com/706），相当灵活，上手容易（前提是找对了上手方式，如北京科音分子动力学与GROMACS培训班http://www.keinsci.com/KGMX），安装和使用十分方便。而且近年来有很多发展/扩展/辅助工具进一步显著增强了GROMACS，如sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）、gmx_mmpbsa、constant PH（修改版）、内建PLUMED/colvar、支持与CP2K联用做QM/MM、支持神经网络势等。而且GROMACS如今也有Python API（称gmxapi）满足特殊人群需要。而且逐渐诞生了很多新力场，使得GROMACS能模拟由于支持的函数形式限制而以往无法模拟的体系，诸如模拟Fe单质现在有了不错的LJ势。

对于当前标题中的问题，我的答案是：没有可能（除非GROMACS自甘堕落、不进反退。或者OpenMM的发展突然开挂）
虽然我完全不用OpenMM，或许确实有不少优点，但“最强”这个头衔绝对不是能那么容易地得到的。得到这个头衔不能光看某个程序自身特征、某程序对个人需求的满足情况，关键还得看其它程序的特征（而且需要充分了解才能予以客观评判），以及对其它用户的满足情况。

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