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标题: CP2K是否可以对氧化反应进行动力学模拟并且寻找过渡态？ [打印本页]

作者
Author: Wenlin 时间: 2025-7-11 15:12
标题: CP2K是否可以对氧化反应进行动力学模拟并且寻找过渡态？
本帖最后由 Wenlin 于 2025-7-12 08:43 编辑

各位老师，我想模拟氧化剂氧化锕系元素以及镧系元素的过程，想知道能不能实现，在模拟之前是否需要优化初始结构呢？我发现如果优化了初始结构，会有一个质子转移的现象，镧锕旁边水分子上的一个H原子会跑到氧化剂上形成OH-，在这种情况下再进行动力学模拟是可靠的吗？如果我想找到整个氧化过程的过渡态，是否能直接从动力学模拟结束后的结构作为最终态从而寻找过渡态呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-12 01:02
先把体系情况完整交代清楚，什么反应环境、具体是什么物质跟什么物质反应、是什么机理，能给出反应式的情况给出反应式。这些前提都明确了，才是怎么构思计算模型的事

对于凝聚相动力学模拟而言，事先做优化完全不是必须的；即便要做，一般目的也仅仅是为了消除初始结构下的不合理接触导致模拟可能崩溃而已

作者
Author: Wenlin 时间: 2025-7-12 08:39

sobereva 发表于 2025-7-12 01:02
先把体系情况完整交代清楚，什么反应环境、具体是什么物质跟什么物质反应、是什么机理，能给出反应式的情况 ...

老师，我是想做铋酸氧化三价镅成五价镅的动力学模拟，三价镅赤道面是被具有四个配位原子的配体吸附，竖直方向上上下分别加了两个水满足配位，主要的反应过程应该是按图所示（已将图加到原文中，附带了自己做的aimd可视化结构），我想做分子动力学模拟找到初始态和最终态，然后找到过渡态，但是我做分子动力学模拟，水会断键和铋酸的一个O原子形成OH-但是并不会形成H2O脱水，尝试了先优化初始结构或者不优化，重新放置初始位置，但是都不成功，不知道问题出在哪里

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-13 06:20
当前情况本来就没什么必要跑分子动力学。自己摆合适的初猜结构优化反应物就完了，一次拿不准就多试一些初猜结构

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