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标题: gmx_MMPBSA计算小分子化合物与蛋白质时，ΔEEL 数值非常大 [打印本页]

作者
Author: wula 时间: 2025-7-11 17:47
标题: gmx_MMPBSA计算小分子化合物与蛋白质时，ΔEEL 数值非常大
使用gmx_MMPBSA Version=1.6.4 based on MMPBSA.py v.16.0计算计算小分子化合物与蛋白质时，有些结合能太大了，这正常？

Energy Component    Average    SD(Prop.)       SD SEM(Prop.)       SEM-------------------------------------------------------------------------------
ΔBOND                   0.00       7.29    0.00       0.09    0.00
ΔANGLE                   0.00       7.39    0.00       0.09    0.00
ΔDIHED                -0.00       3.03    0.00       0.04    0.00
ΔUB                      0.00       0.00    0.00       0.00    0.00
ΔIMP                   0.00       0.00    0.00       0.00    0.00
ΔCMAP                   0.00       0.00    0.00       0.00    0.00
ΔVDWAALS             -49.71       0.77    4.23       0.01    0.05
ΔEEL                -401.82       8.68    38.45       0.11    0.47
Δ1-4 VDW                0.00       6.17    0.00       0.08    0.00
Δ1-4 EEL                0.00       0.65    0.00       0.01    0.00
ΔEPB                   423.05       12.14    40.62       0.15    0.50
ΔENPOLAR                -4.22       0.00    0.29       0.00    0.00
ΔEDISPER                0.00       0.00    0.00       0.00    0.00

ΔGGAS                -451.53       8.72    39.59       0.11    0.48
ΔGSOLV                418.83       12.14    40.49       0.15    0.50

ΔTOTAL                -32.70       14.95    4.67       0.18    0.06
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-12 00:37
必须根据小分子和蛋白质相互作用特征判断，什么前提都没有，光给个数值毫无意义
诸如小分子和蛋白有一大堆显著氢键、盐桥作用，真空下静电相互作用能自然会很大

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