各位老师好，我在用gmx_MMPBSA计算蛋白-有机配体的MMPBSA时结果异常（能到正的好几百），但我初次接触这个程序，还不了解具体是哪方面的问题。输入文件和结果文件都在下面，恳请各位老师指点！
用的charmm-gui网站建体系，使用charmm36m力场；2开头的文件的体系是一个含LPH（LPH is a positively charged virtual particle attached to halogen atoms.）的体系，照官网的说明进行了处理，也更改了in文件里面的参数；1开头的体系是正常蛋白-有机配体体系。观察轨迹（周期性校正和平动转动都消除了）发现体系已经平衡，配体蛋白都极其稳定，配体在结合位点；输入给gmx_MMPBSA的轨迹只有蛋白和配体，没有水和离子；在动力学模拟时盐浓度是0.15M。
猜测是in文件设置有问题，但实在是没有相关经验，请各位老师指点，谢谢！ (, 下载次数 Times of downloads: 1)