计算化学公社

标题: dalton计算磷光速率问题 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-3-31 18:33
标题: dalton计算磷光速率问题
看到论坛以前有人提起过用dalton计算过磷光速率的帖子，但是不是特别懂，想请教一下大神么？
首先构建mol文件，因为dal文件是不变的。mol文件我先从CCDC中获得Irppyacac的cif文件，然后用mercury打开，然后save as .mol2格式的文件，用Gview打开后保存为gjf格式文件，这样就得到了原子的坐标文件，然后换算成A单位，得到Irppyacac.mol 。但是计算的结构和文献相差特别大，怀疑从cif构建mol文件的过程中原子坐标有问题，因为dal文件用来计算其他分子，结果和文献相近。
请教一下如何通过cif文件构建dalton的mol文件，谢谢！

作者
Author: ggdh 时间: 2017-3-31 20:52
本帖最后由 ggdh 于 2017-3-31 20:59 编辑

dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0 Nosymmetry Angstrom

话说你算磷光不先优化下三线态么？

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-3-31 21:16

ggdh 发表于 2017-3-31 20:52
dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0 Nosymmetry Angstrom

谢谢，你的意思是我通过晶体结构提取的gjf在进行UDFT优化T1构型后，得到dalton的mol文件进行磷光计算？
文献上说是基于基态进行translation moment计算，所以我没有优化T1。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-3-31 21:17

ggdh 发表于 2017-3-31 20:52
dalton 默认的单位是bohr
在下面这一行里面加Angstrom试试
Atomtypes=5 Charge=0 Nosymmetry Angstrom

那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题，因为mol坐标中Z坐标太大了，不太可信。谢谢

作者
Author: ggdh 时间: 2017-3-31 23:32
本帖最后由 ggdh 于 2017-3-31 23:33 编辑

yezhonghua 发表于 2017-3-31 21:17
那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题，因为mol坐标中Z坐标太大了，不太可信。谢谢

你用gv看结构正常就没有问题。嫌Z坐标太大的话那就在gv里面弄一下edit --》 symmtrize。
文献不优化那是文献偷懒。也有可能是优化后和实验值对不上。。你盲目效仿文献的偷懒做法有被审稿人质疑的风险。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-1 08:10

yezhonghua 发表于 2017-3-31 21:17
那请问我这样通过cif获得mol的原子坐标信息有没有问题，因为mol坐标中Z坐标太大了，不太可信。谢谢

你这个保存了坐标来做应该不对吧
cif测量，应该是基态的吧。有周围环境分子的影响。
你用dalton计算磷光或者SOC的时候，不应该是基于优化的T1的结构？
你可以通过dalton优化T1。然后在计算磷光或者SOC

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-4-6 08:44

小范范1989 发表于 2017-4-1 08:10
你这个保存了坐标来做应该不对吧
cif测量，应该是基态的吧。有周围环境分子的影响。
你用dalton计算磷 ...

我一般是通过g09的UDTF进行T1的优化（有的用TD-DFT进行优化的），然后再次利用dalton进行磷光速率计算的。dalton和g09对于T1的优化结构应该不会相差很大吧？
另外问一下，dalton2016计算得到的磷光寿命不需要除以3吧？
谢谢！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-4-6 08:46

ggdh 发表于 2017-3-31 23:32
你用gv看结构正常就没有问题。嫌Z坐标太大的话那就在gv里面弄一下edit --》 symmtrize。
文献不优化那 ...

谢谢，加上Angstrom就可以了，应该是单位的问题。
请问T1的优化是UDFT还是TD-DFT，我一般用g09进行T1的优化，然后用dalton计算磷光寿命和速率；dalton直接进行T1的优化不会，请教一下，谢谢！

作者
Author: ggdh 时间: 2017-4-6 11:25

yezhonghua 发表于 2017-4-6 08:46
谢谢，加上Angstrom就可以了，应该是单位的问题。
请问T1的优化是UDFT还是TD-DFT，我一般用g09进行T1的 ...

用gaussian的udft 优化T1就好。快。也不会被质疑

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-6 12:02

yezhonghua 发表于 2017-4-6 08:44
我一般是通过g09的UDTF进行T1的优化（有的用TD-DFT进行优化的），然后再次利用dalton进行磷光速率计算的 ...

我没有除3.我都是用的他们计算出来的数据。为啥要除以3呢？
beefly大神当时的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2455
里面应该是2pi的关系吧。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-4-8 14:35

ggdh 发表于 2017-4-6 11:25
用gaussian的udft 优化T1就好。快。也不会被质疑

谢谢！

作者
Author: yezhonghua 时间: 2017-4-8 14:35

小范范1989 发表于 2017-4-6 12:02
我没有除3.我都是用的他们计算出来的数据。为啥要除以3呢？
beefly大神当时的帖子http://bbs.keinsci.co ...

恩恩，看了，是2π的关系，谢谢！

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-1-17 11:27
楼主您好 Dalton2016如果按照beefly大神考虑的打印的振子强度为实际振子强度的1/2pi 代入爱因斯坦自发辐射方程实际的辐射寿命确实在打印的辐射寿命上除以3
这样就有一个问题了我们能不能做一个标准分子来考虑到底是Dalton是对的还是按照beefly大神推爱因斯坦自发辐射方程是对的了

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-1-18 00:03

柒月小鱼发表于 2018-1-17 03:27
楼主您好 Dalton2016如果按照beefly大神考虑的打印的振子强度为实际振子强度的1/2pi 代入爱因斯坦自发辐射 ...

关于计算的寿命是否除以3 的问题，我看Zork在Dalton论坛很早就报告了，但人家却无视，不做回应。。。

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-1-18 10:24

bomsaude 发表于 2018-1-18 00:03
关于计算的寿命是否除以3 的问题，我看Zork在Dalton论坛很早就报告了，但人家却无视，不做回应。。。

我目前想用MOMAP再计算一次辐射速率目前我还有一些问题没有解决但是根据Dalton给出的跃迁偶极矩我大胆猜测MOMAP计算的结果是符合ZORK大神的等两天后计算完了再向您回复

作者
Author: sobereva 时间: 2018-3-16 05:52
Dalton在给出磷光速率（寿命是其倒数）的时候之所以自动除以3，八成可能是考虑到体系不可能同时占三重态的三个子态、同时从三个子态发射，因此把算出来的相当于总k的结果自动除了3。研究磷光的文献里一般也都是把三个子态的k取平均（假定高温极限的情况）
Dalton直接给出的k和Dirac做二分量计算给出的三个子态的平均的k相当，也体现了此结论。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-3-16 07:17

柒月小鱼发表于 2018-1-18 10:24
我目前想用MOMAP再计算一次辐射速率目前我还有一些问题没有解决但是根据Dalton给出的跃迁偶极矩我大胆 ...

你好，你说的这个：“根据Dalton给出的跃迁偶极矩”
你是通过什么脚本(.dal)计算的呢？基于的结构是T1的吧？
谢谢

作者
Author: blueyangliu 时间: 2018-11-6 16:12
本帖最后由 blueyangliu 于 2018-11-6 16:25 编辑

sobereva 发表于 2018-3-16 05:52
Dalton在给出磷光速率（寿命是其倒数）的时候之所以自动除以3，八成可能是考虑到体系不可能同时占三重态的 ...

老师能给个使用ECP核电荷近似的磷光速率计算文件吗？*.dal.Dalton现在支持哪些原子的ECP基组。

作者
Author: abin 时间: 2018-11-6 16:31
可能没啥用。
我是采用如下的方式得到*mol文件。

假定高斯的计算结果文件是XX.log

babel -i g09 XX.log -o xyz XX.xyz #无论是G16还是g09计算的，都是这个指令。
然后去dalton/tools目录下面，
应该有以下的东西，
aces2dalton distances FChk2HES labread xyz2dalton
把这几个链接到自己的bin目录，比如 mkdir ~/bin
ln -s xyz2dalton ~/bin
然后
xyz2dalton < XX.xyz > XX.mol
打开XX.mol天上坐标就可了。
这个时候，不要去管坐标是埃还是au了。

作者
Author: blueyangliu 时间: 2018-11-6 16:57

abin 发表于 2018-11-6 16:31
可能没啥用。
我是采用如下的方式得到*mol文件。

你说这个是转成.mol文件吧。Multiwfn就可以，刚查到。还没试过。选主菜单100功能，再找找

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-7 00:09

abin 发表于 2018-11-6 16:31
可能没啥用。
我是采用如下的方式得到*mol文件。

最简单的方法是把.fch/pdb/xyz/mol/wfn/molden等含有结构信息的文件载入Multiwfn，进入主功能100的子功能2，用相应选项转换出Dalton的输入文件，把默认的关键词改一下就能算了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-7 00:13

blueyangliu 发表于 2018-11-6 16:12
老师能给个使用ECP核电荷近似的磷光速率计算文件吗？*.dal.Dalton现在支持哪些原子的ECP基组。

(, 下载次数 Times of downloads: 43) (, 下载次数 Times of downloads: 26) (, 下载次数 Times of downloads: 21)

作者
Author: abin 时间: 2018-11-7 09:36

blueyangliu 发表于 2018-11-6 16:57
你说这个是转成.mol文件吧。Multiwfn就可以，刚查到。还没试过。选主菜单100功能，再找找

我们的公共服务器，没有部署
Multiwfn。
当然我晓得，你说的程序能搞定这个事情。

作者
Author: abin 时间: 2018-11-7 09:59

sobereva 发表于 2018-11-7 00:13

使用ECP之后，针对金属，能否同时考虑相对论效应？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-7 23:49

abin 发表于 2018-11-7 09:59
使用ECP之后，针对金属，能否同时考虑相对论效应？

你用相对论赝势自然而然就考虑了标量相对论效应

作者
Author: abin 时间: 2018-11-8 07:52

sobereva 发表于 2018-11-7 23:49
你用相对论赝势自然而然就考虑了标量相对论效应

dalton手册Chapter 17提到，
The Effective Core Potential approach of Pitzer and Winter [125] is available for single- point calculations by asking for ECP as the basis set for the chosen element. So far, only a limited set of elements is covered by the basis set library. .... The corresponding spin-orbit operators are not implemented.

没有搞清楚这里提到的spin-orbit operators, 这个算符和大家需要计算的旋轨耦合矩阵元(SOCME, 比如T1 --> S0的SOCME）有相关性吗？

翻了下手册没有看明白。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-8 08:10

abin 发表于 2018-11-8 07:52
dalton手册Chapter 17提到，
The Effective Core Potential approach of Pitzer and Winter [125] is a ...

先定义了旋轨耦合算符才能计算旋轨耦合矩阵元

作者
Author: abin 时间: 2018-11-8 09:51

sobereva 发表于 2018-11-8 08:10
先定义了旋轨耦合算符才能计算旋轨耦合矩阵元

大神，有兴趣写个专题，总结整理一下吗？
对于新手来说，程序的选项越多，功能越多，反而越复杂。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-9 02:48

abin 发表于 2018-11-8 09:51
大神，有兴趣写个专题，总结整理一下吗？
对于新手来说，程序的选项越多，功能越多，反而越复杂。

几个月前就打算专门写一个Dalton算磷光的帖子，后来诸事繁多，一直没时间弄，近期也抽不出时间。不过早晚会写的
Dalton程序开发者开发时就没打算把这程序给新人用，光是输入文件坐标的复杂程度就挺奇葩。其实官方多写一些tutorial，把这程序独特优势让大家可以轻易触及到，程序流行程度得有现在好几倍。

作者
Author: abin 时间: 2018-11-9 09:22

sobereva 发表于 2018-11-9 02:48
几个月前就打算专门写一个Dalton算磷光的帖子，后来诸事繁多，一直没时间弄，近期也抽不出时间。不过早晚 ...

个人愚见，dalton是给专家使用的。
没有一定的量化基础，几乎看不懂那个程序手册在讲什么东西。

作者
Author: yygong 时间: 2018-11-9 11:00

abin 发表于 2018-11-9 09:22
个人愚见，dalton是给专家使用的。
没有一定的量化基础，几乎看不懂那个程序手册在讲什么东西。

的确如此，望而生畏

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-9 12:00
明年的北京科音高级量子化学培训班里会把Dalton的基础使用以及只有它能实现的重要功能系统讲一遍，特别是磷光这块儿。也会把Dalton主打的响应函数计算这部分的原理透彻讲一遍

作者
Author: blueyangliu 时间: 2018-11-12 11:12
本帖最后由 blueyangliu 于 2018-11-12 22:09 编辑

sobereva 发表于 2018-11-9 12:00
明年的北京科音高级量子化学培训班里会把Dalton的基础使用以及只有它能实现的重要功能系统讲一遍，特别是磷 ...

太好了。希望能参加。
现在就想用ECP方式计算基态与三重激发态之间的旋轨耦合矩阵元，这个输入对吗？**DALTON INPUT
.RUN RESPONS
**INTEGRALS
**WAVE FUNCTIONS
.DFT
B3LYPg
**RESPONS
.TRPFLG
*LINEAR
.SINGLE RESIDUE
.ECPHOS
.PRINT
3
.ROOTS
1
**END OF DALTON INPUT

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)