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标题: 寻找羟基脱氢与羟基自由基反应生成一分子水的过渡态，scan图像为单向曲线求解惑 [打印本页]

作者
Author: Jiangkunzhe 时间: 2025-7-13 19:34
标题: 寻找羟基脱氢与羟基自由基反应生成一分子水的过渡态，scan图像为单向曲线求解惑
本帖最后由 Jiangkunzhe 于 2025-7-14 09:53 编辑

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Title Card Required

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H                3.16777300 -1.41860500 1.54549500
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H                1.95845500 -2.36401000 -1.08265000
C                3.31879100 -0.74329300 -1.21229000
H                3.39347800 -0.87269500 -2.28962300
C                2.09069900 0.21962200 -0.81587600
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C                4.57651400 -0.06799700 -0.63327100
H                5.21340800 0.29255400 -1.44917800
O                5.30448900 -1.01545200 0.13552200
H                6.09710100 -0.58967200 0.47545500
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H                4.70237800 1.72868600 0.76107400
C                2.74163700 1.22539300 0.10295900
C                1.93223900 2.26014000 0.81485400
H                1.32044900 1.77031300 1.58391000
H                1.23893500 2.73239600 0.10595600
O                2.79883300 3.20823200 1.39883900
H                2.18346794 4.14374903 1.68399506
O                1.39153039 4.99741829 2.17548217
H                1.58905034 5.91752101 1.65015972

B 46 47 S 15 -0.020000

我想寻找该物质羟基脱氢与羟基自由基反应生成一分子水过程的过渡态，但是scan扫描图像如图所示，求大佬解惑！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-14 03:10
输出文件压缩后上传

作者
Author: Jiangkunzhe 时间: 2025-7-14 09:50

sobereva 发表于 2025-7-14 03:10
输出文件压缩后上传

sob老师，输出文件压缩包已上传，感谢解答疑惑！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-15 04:32
你只是从反应物扫到了大约过渡态的位置，扫描路径没有覆盖整个H迁移过程，能量单调增加很正常

作者
Author: Jiangkunzhe 时间: 2025-7-15 09:47

sobereva 发表于 2025-7-15 04:32
你只是从反应物扫到了大约过渡态的位置，扫描路径没有覆盖整个H迁移过程，能量单调增加很正常

sob老师，向您请教一下，这种情况能否覆盖整个H迁移过程？基于这个图像，应该选取哪一点作为过渡态初猜结构？是水分子形成前的最后一步（第14步）还是形成水分子后的第一步（第15步）？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-16 11:14

Jiangkunzhe 发表于 2025-7-15 09:47
sob老师，向您请教一下，这种情况能否覆盖整个H迁移过程？基于这个图像，应该选取哪一点作为过渡态初猜结 ...

扫描的最后一个点的结构下H在两个氧中间，是适合用来搜索过渡态的初猜结构

作者
Author: Jiangkunzhe 时间: 2025-7-16 13:06

sobereva 发表于 2025-7-16 11:14
扫描的最后一个点的结构下H在两个氧中间，是适合用来搜索过渡态的初猜结构

好的sob老师，我现在尝试一下。感谢您！

作者
Author: HATRE 时间: 2025-7-25 08:52
B3LYP-D3(BJ)/DEF2-TZVP//B3LYP-D3(BJ)/DEF2-SVP方法计算的，供参考：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 749a63e3616c783c007

作者
Author: Jiangkunzhe 时间: 2025-7-26 09:29

HATRE 发表于 2025-7-25 08:52
B3LYP-D3(BJ)/DEF2-TZVP//B3LYP-D3(BJ)/DEF2-SVP方法计算的，供参考：
https://alphacat.deepchem.cn/shar ...

您好，我想向您请教一下，搜索过渡态的时候，环状结构会发生改变，我想把无关的结构固定，只让羟基官能团参与过渡态搜索，如何可以做到？

作者
Author: HATRE 时间: 2025-7-30 08:22

Jiangkunzhe 发表于 2025-7-26 09:29
您好，我想向您请教一下，搜索过渡态的时候，环状结构会发生改变，我想把无关的结构固定，只让羟基官能团 ...

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