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标题: 6.6nm^3含有6000个CH2Cl2的分子的盒子，Gromacs进行em时能量升高并卡住 [打印本页]

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Author: Novice 时间: 2025-7-15 17:09
标题: 6.6nm^3含有6000个CH2Cl2的分子的盒子，Gromacs进行em时能量升高并卡住
我用packmol构造了一个6.6nm^3含有6000个CH2Cl2的分子的盒子（成功结束），并下载使用了www.virtualchemistry.org提供的二氯甲烷top文件进行模拟，

开始模拟时，使用了 -ntmpi 2 -ntomp 6 -pin on命令，出现了以下错误（同帖子http://bbs.keinsci.com/thread-16573-1-1.html）：
“Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells
A list of missing interactions:”

按照该帖子2楼社长建议，使用-nt 12 -ntomp 12后，发现模拟过程中能量在正常下降几步后，开始上升，并卡在21步：
Step 0, Epot=1.331568e+07, Fnorm=3.944e+04, Fmax=1.509e+05 (atom 5875)
……
Step 16, Epot=3.682052e+06, Fnorm=3.310e+03, Fmax=2.294e+05 (atom 8506)
Step 17, Epot=1.733459e+07, Fnorm=1.009e+07, Fmax=1.160e+09 (atom 5430)
Step 18, Epot=1.302913e+07, Fnorm=2.562e+06, Fmax=3.049e+08 (atom 19081)
Step 19, Epot=2.906469e+11, Fnorm=6.851e+11, Fmax=8.391e+13 (atom 5427)
Step 20, Epot=3.973456e+09, Fnorm=2.615e+09, Fmax=2.424e+11 (atom 2796)
Step 21, Epot=2.746383e+15, Fnorm=1.314e+16, Fmax=1.609e+18 (atom 23476)

此时后台查看gmx仍在使用3核运行，但是不再继续输出优化的后续步骤信息。
用vmd的选择语句same resid as (within 5 of serial 23476)检查.trr最后一帧也未发现异常。

注：virtualchemistry二氯甲烷top文件使用该文件包里的二氯甲烷盒子模拟时没有发现问题。

运行相关的文件如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

请问以上问题是什么原因导致的，该怎么解决？

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找到原因了，我的盒子填的太密了，6000个CH2Cl2分子应该是需要8.6nm的立方盒子

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