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标题: 使用分子动力学轨迹进行弱相互作用分析和能量分解的方法是否合理？ [打印本页]

作者
Author: anananante 时间: 2025-7-16 10:09
标题: 使用分子动力学轨迹进行弱相互作用分析和能量分解的方法是否合理？
想要研究一个磷光分子体系的相互作用，在MD模拟盒中加入了磷光分子和若干寡聚体之后跑了一下npt和nvt，将MD轨迹的最后一帧的结构提取了出来，并且截取了以磷光分子为中心，半径10埃左右的范围内的结构，去除了一些破碎的基团，并且留下较为完整的分子用氢封端了。之后将这个结构跑了单点能又用multiwfn进行了IRI分析，并且也进行了基于GAFF力场的能量分解
现在就是有一些疑问：
1、这个研究方法合理吗？
2、想要证明体系2受到色散作用更强一些，但是计算结果显示，体系1中磷光分子和其他分子的色散能数值更大一些，但是它的贡献占比在65%左右，而体系2虽然数值小但是贡献有77%，我可以用贡献百分比来表示这个结果吗？并且色散能高达-155.74kJ/mol这个结果会不会过大，这个数值正常吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-16 12:19
当前模型分子两侧还有明显的真空区，相应部分的分子也应该考虑。并且应注意这只是一帧的结构，模拟过程中每帧的色散作用都不同，只用一帧说事很可能得到错误结论。我更建议在gromacs里把磷光分子和周围分子各设一个能量组，获得动力学过程中色散作用的平均值，这样对比才有说服力。你当前的做法只适合考察特定结构下的色散作用，若当前结构没有什么特殊性，只是动力学过程随便选的一帧，这么做说明不了什么。

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