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标题: 求助丙基苯酚与溶菌酶复合物模拟中配体脱离复合物的原因 [打印本页]

作者
Author: Drucula 时间: 2025-7-15 21:28
标题: 求助丙基苯酚与溶菌酶复合物模拟中配体脱离复合物的原因
本帖最后由 Drucula 于 2025-7-16 08:44 编辑

各位老师，我在练习分子动力学与Gromacs培训讲义上丙基苯酚与溶解酶复合物模拟实例中，仿照卢天老师在补充视频里的第一个实例（胰蛋白酶-苄脒阳离子模拟）的操作步骤，不同的是，其中我使用了Sobtop产生了丙基苯酚的拓扑文件，并用Multiwfn算的RESP电荷。之后使用Gromacs产生蛋白质拓扑文件，并将sobtop产生的JZ4.gro文件加入到pdb2gmx产生的protein.gro末尾，并且也修改了原子数，保存为complex.gro后，在VMD上作图发现，配体脱离了复合物，求助这是什么原因呢？我是哪里出了问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-16 05:13
先看轨迹，并且显示出盒子，弄清楚是跨盒子了，还是就是真的脱离了，以及如果是后者的情况，具体是怎么脱离的。做蛋白质相关的动力学一定要看轨迹

并且看此文
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

并且输入文件要给完整，top文件都没给

此外，建议用矩形盒子，免得可视化的时候麻烦。

作者
Author: Drucula 时间: 2025-7-16 08:45

sobereva 发表于 2025-7-16 05:13
先看轨迹，并且显示出盒子，弄清楚是跨盒子了，还是就是真的脱离了，以及如果是后者的情况，具体是怎么脱离 ...

感谢老师的解答，我再研究一下，另外已经在原帖上补上top文件了，烦请您看看有什么问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-16 11:33

Drucula 发表于 2025-7-16 08:45
感谢老师的解答，我再研究一下，另外已经在原帖上补上top文件了，烦请您看看有什么问题。

我说的是用于实际复合物模拟的top，这只是配体的top并没有用处

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