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标题: 如何构建大分子聚合物 [打印本页]

作者
Author: wwwv 时间: 2025-7-16 14:59
标题: 如何构建大分子聚合物
我的大分子是多个重复片段组成的，我使用chemdraw+chem3d画出一个重复片段，使用orca对结构进行优化，再然后又用Multiwfn+orca施加电荷约束拟合了静电势电荷，现在我想知道怎么构建聚合物，并负上对应的电荷。老师们该怎么做啊。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-17 03:44
自己写个程序产生对应的SMILES字符串，参考下文用openbabel产生三维结构
基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
http://sobereva.com/440（http://bbs.keinsci.com/thread-10824-1-1.html）

作者
Author: wwwv 时间: 2025-7-17 08:41

sobereva 发表于 2025-7-17 03:44
自己写个程序产生对应的SMILES字符串，参考下文用openbabel产生三维结构
基于OpenBabel批量产生特定基团以 ...

谢谢，老师

作者
Author: wwwv 时间: 2025-7-17 17:08

sobereva 发表于 2025-7-17 03:44
自己写个程序产生对应的SMILES字符串，参考下文用openbabel产生三维结构
基于OpenBabel批量产生特定基团以 ...

老师我还想问一下用openbabel，生成的环状的聚合物，结构明显不合理，怎么优化能好点

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-18 06:18

wwwv 发表于 2025-7-17 17:08
老师我还想问一下用openbabel，生成的环状的聚合物，结构明显不合理，怎么优化能好点

只要键连关系正确就行，用UFF等力场（Gaussian就支持UFF，Openbabel自己也支持MMFF94力场）快速一优化就基本合理了

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