计算化学公社

标题: 请问buried surface areas怎么计算 [打印本页]

作者
Author: typ_gauss 时间: 2025-7-17 10:44
标题: 请问buried surface areas怎么计算
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
Houk一篇文章中计算了buried surface areas（https://doi.org/10.1021/jacs.1c12664），请问这个应该如何用Multiwfn实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-18 07:09
看文中的定义或引用的相关文章里的定义，没定义没法回答
没准是结合前后表面积的变化，整体和片段分别用Multiwfn计算面积后求差可得到

作者
Author: typ_gauss 时间: 2025-7-26 00:20

sobereva 发表于 2025-7-18 07:09
看文中的定义或引用的相关文章里的定义，没定义没法回答
没准是结合前后表面积的变化，整体和片段分别用Mu ...

卢老师，原文和SI都没有给明确的定义。buried surface areas原文引用的是卢老师您的J. Mol. Graph. Model. 2012, 38, 314−323. 可能就是卢老师您说的这个定义吧。
同时作者认为包埋体积大的弱相互作用强，认为过渡态更优势(The phosphino unit of L1 in Cu-AY can interact with Pd-A1 with a variety of C−H···π/vdW interactions in CuPd-TS1si (buried surface area 198.9 Å2), while CuPd-TS1re (buried surface area 130.6 Å2) only allows Pd-A1 to interact with a relatively small i-Pr group on the oxazoline unit of L1. )。
我还想问一下，包埋体积大不也意味着位阻大吗？似乎和与弱相互作用相矛盾。
或者说包埋体积大就意味着过渡态结合更紧密，说明结合能大，是优势结构，具体是什么原因则需要具体分析。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-26 12:33

typ_gauss 发表于 2025-7-26 00:20
卢老师，原文和SI都没有给明确的定义。buried surface areas原文引用的是卢老师您的J. Mol. Graph. Model ...

关键看包埋的深度。弱相互作用会导致范德华表面被一定程度穿透，往往作用越强穿透程度越大，但如果是由于结构原因而被迫导致的穿透，那就有位阻效应了，很可能大于吸引相互作用。

作者
Author: typ_gauss 时间: 2025-7-26 15:59

sobereva 发表于 2025-7-26 12:33
关键看包埋的深度。弱相互作用会导致范德华表面被一定程度穿透，往往作用越强穿透程度越大，但如果是由于 ...

好的，谢谢卢老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)