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标题: 求助：做Gromacs如何用程序自动生成正确的残基编号和OW、HW原子名的.gro文件？ [打印本页]

作者
Author: JoyChem 时间: 2025-7-17 17:27
标题: 求助：做Gromacs如何用程序自动生成正确的残基编号和OW、HW原子名的.gro文件？
我上了Sob老师的MD培训班，也参考了乙醇和水的例子非常有用。
现在我想做11个Nafion分子和895个水分子混合的体系，先做一下能量极小化，但是.gro文件无论我是用Gromacs的gmx insert-molecules命令插入分子和editconf命令，还是Packmol混合之后再用sobtop，结果都不太理想，运行Gromacs会这样报错：
Warning: atom name 474 in mix.top and mix.gro does not match (OW - O)
Warning: atom name 475 in mix.top and mix.gro does not match (HW1 - H)
Warning: atom name 476 in mix.top and mix.gro does not match (HW2 - H)
可能是我自己没有太掌握这几个程序的用法，但实在也是尝试了很久了，这是我目前的.gro文件片段：
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这是我的.top文件内容：
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"
#include "Nafion.itp"
#include "amber99sb-ildn.ff/spce.itp"

[ system ]
Nafion+water

[ molecules ]
; Compound       nmols
Nafion  11
SOL  895

这是我的Nafion.itp文件内容片段：
; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev5) on 2025-07-15

[ moleculetype ]
; name       nrexcl
Nafion    3

; Atomic charges are those loaded from .mol2 file
[ atoms ]
;  Index type residue  resname atom       cgnr    charge    mass
   1    ce       1    NAF    C          1 0.00000000 12.010736
   2    c2       1    NAF    C          2 0.00000000 12.010736
   3    f       1    NAF    F          3 0.00000000 18.998403
这是em.mdp文件：
define = -DFLEXIBLE
integrator = cg
nsteps = 10000
emtol  = 100.0
emstep = 0.01
;
nstxout = 20
nstlog = 50
nstenergy = 50
;
pbc = xyz
cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres
;
constraints             = none

这是我的Gromacs报错情况：
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想问一下有除开写python或者其他脚本方法解决这个原子命名问题的吗？
因为我直觉是我程序没有用对，只好厚着脸皮来请教各位老师了，请各位大佬不吝赐教，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-18 07:11
注意复习北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

作者
Author: 日月崇光 时间: 2025-7-18 10:17
这个无所谓，只要原子顺序对的上直接-maxwarn就行。
或者你在加水之前把水分子结构文件中原子名称提前改成OW和HW

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