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标题: cof经过npt模拟后，由水平变成竖直，怎么保持cof一直保持水平状态？ [打印本页]

作者
Author: 。。。 时间: 2025-7-21 15:24
标题: cof经过npt模拟后，由水平变成竖直，怎么保持cof一直保持水平状态？
各位老师好，我构建了一个水盒子，然后盒子中间水平防止了三层cof材料，但是经过npt模拟后，三层cof的取向变成竖直，因为我想研究COF材料对Hgcl2的吸附，要怎么保持三层COF一直水平呀

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作者
Author: pal 时间: 2025-7-21 15:56
1.设置限制势
2.在那个方向上弄成周期性结构的二维材料

作者
Author: 。。。 时间: 2025-7-21 16:18

pal 发表于 2025-7-21 15:56
1.设置限制势
2.在那个方向上弄成周期性结构的二维材料

你好，谢谢你，然后想确认一下你说的第一个设置限制势，是不是通过gmx genrestr 生成posre_cof.itp，限制cof这个组分在xy方向可以运动，然后z方向锁定呀。那第二种弄成周期性结构的二维材料要怎么设置呀？

作者
Author: pal 时间: 2025-7-21 19:58

。。。发表于 2025-7-21 16:18
你好，谢谢你，然后想确认一下你说的第一个设置限制势，是不是通过gmx genrestr 生成posre_cof.itp，限制 ...

对，但是其实可以三个方向都限制了。第二个就是直接截断xy面，在周期性边界条件下相当于把溶液分隔成上下两部分

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-22 05:37

。。。发表于 2025-7-21 16:18
你好，谢谢你，然后想确认一下你说的第一个设置限制势，是不是通过gmx genrestr 生成posre_cof.itp，限制 ...

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop里面构建MOF拓扑文件的例子，同样适用于COF。给sobtop提供COF晶胞文件即可

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