计算化学公社

标题: 酸性条件下如何确定氢离子的位置 [打印本页]

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Author: 1773525076 时间: 2025-7-21 18:09
标题: 酸性条件下如何确定氢离子的位置
本帖最后由 1773525076 于 2025-7-22 08:01 编辑

各位老师我想问一下我做的是个中性的配体通过计算静电势发现他的配位位点顺序应该是A>B>C 但最后在酸性条件下得到的晶体结构配位位点基本都是C的我就在想是不是氢离子的引入影响了他的配位位点但又没办法确认氢离子的位置想问下各位老师是否有解决办法
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Author: 18217265596 时间: 2025-7-21 19:29
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

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Author: sobereva 时间: 2025-7-22 05:48
A、B、C这种描述跟猜谜一样。给出结构图，标注清楚具体静电势数值（而不是大小关系，5.0和3.0、5.0和4.999，有天壤之别）

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Author: 1773525076 时间: 2025-7-22 08:03

sobereva 发表于 2025-7-22 05:48
A、B、C这种描述跟猜谜一样。给出结构图，标注清楚具体静电势数值（而不是大小关系，5.0和3.0、5.0和4.999 ...

感谢sob老师指正自己重点都在如何确定氢离子位置了就忽略了这些已经把对应结构和静电势数值更新在帖子中我想问一下是因为他们静电势本身差距不大导致的还是说氢离子先到了静电势较大的位置结合然后改变了他们的静电势分布？

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Author: pal 时间: 2025-7-22 10:54
这个不光和表面静电势有关系，还和构型有关系，构型匹配程度可能比静电势还重要

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-7-22 11:17
说到“晶体结构配位位点”的话，意思是从含某个金属离子和该配体的酸性溶液中长出单晶并解了结构么？不考虑晶体结构堆积对配体构象的影响，就算不考察静电势其实也能猜到金属离子的优势配位位点在哪，画一下结构式就能看到双齿配体两个类似吡啶的氮的螯合作用了（下图M为金属离子，A为其他配体）。
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最有力的讨论选择性的论据，还得是计算配位反应（注意溶液中的金属离子应该按溶剂与配体交换的反应来考虑）与质子化反应的自由能变，而静电势之类的指标适合算完用来解释结论。

作者
Author: 1773525076 时间: 2025-7-22 15:25

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-22 11:17
说到“晶体结构配位位点”的话，意思是从含某个金属离子和该配体的酸性溶液中长出单晶并解了结构么？不考虑 ...

目前拿到的大多数的晶体结构都是螯合配位的然后通过改变pH又拿到了非螯合配位的所以想从计算的研究一下这个内容

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Author: imasen 时间: 2025-7-22 21:44
可以尝试Crest的Protonation Site Calculation工作流，几秒钟就算完了，定性足够了。

structure ΔE(kcal/mol) Etot(Eh)
1          0.00       -48.186479
2          5.49       -48.177731
3          6.64       -48.175898
4          16.11       -48.160802
5          18.36       -48.157226
6          18.40       -48.157150
7          19.10       -48.156044
8          19.95       -48.154689

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作者
Author: 1773525076 时间: 2025-7-23 14:47

imasen 发表于 2025-7-22 21:44
可以尝试Crest的Protonation Site Calculation工作流，几秒钟就算完了，定性足够了。

structure ΔE ...

感谢老师提供的方法我去试试

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