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标题: 请教各位老师，NAMD使用ABF计算PMF可以实现将系统总的PMF分解为不同组分之间PMF嘛 [打印本页]

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Author: abing 时间: 2025-7-25 10:27
标题: 请教各位老师，NAMD使用ABF计算PMF可以实现将系统总的PMF分解为不同组分之间PMF嘛
请教一下各位老师，我阅读到一篇文献中有介绍到他们将凝胶通过SMD移动到涂层表面过程中的总PMF分解为了：凝胶与涂层之间的PMF和凝胶与水之间的PMF。

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在NAMD软件中使用ABF方法可以实现类似与这个文献中的PMF分解吗？我自己的模拟体系是蛋白质与涂层相互作用。
同样是先用SMD模拟了蛋白质接近涂层的过程。进而分窗口计算PMF。
请教各位老师，在.in文件中我应该如何设置，来计算不同组分之间的PMF和总的PMF呢。
distance Z {             distance {
main {                            group1 {
蛋白质                                     蛋白质
}                                        }
ref{                                  group2 {
涂层                                        涂层
}                                        }
}                                     }

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Author: fhh2626 时间: 2025-7-25 14:28
http://bbs.keinsci.com/thread-5425-1-1.html

作者
Author: abing 时间: 2025-7-25 15:31

fhh2626 发表于 2025-7-25 14:28
http://bbs.keinsci.com/thread-5425-1-1.html

谢谢老师回复，您推荐的这个帖子是关于相互作用力的分解，这个我也已经做过并得到结果了。但是我不太清楚是怎么对这个SMD靠近过程中，两个组分之间的相互作用能进行分解呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2025-7-25 19:34

abing 发表于 2025-7-25 15:31
谢谢老师回复，您推荐的这个帖子是关于相互作用力的分解，这个我也已经做过并得到结果了。但是我不太清楚 ...

没有看懂你的问题，对投影在反应坐标方向上面的力积分就是PMF，无论是SMD还是ABF得到的轨迹都可以用ABF公式计算，只是后者采样更充分，更精确而已

作者
Author: abing 时间: 2025-7-26 16:03

fhh2626 发表于 2025-7-25 19:34
没有看懂你的问题，对投影在反应坐标方向上面的力积分就是PMF，无论是SMD还是ABF得到的轨迹都可以用ABF公 ...

老师，就是得到分解的力，沿着位移方向进行积分就是PMF是嘛。group1和group2之间的相互作用能就分析这两个组分之间相互作用力，再沿着反应坐标进行积分求得。
请问老师，这个计算思路是对的吗

作者
Author: fhh2626 时间: 2025-7-28 12:47

abing 发表于 2025-7-26 16:03
老师，就是得到分解的力，沿着位移方向进行积分就是PMF是嘛。group1和group2之间的相互作用能就分析这两 ...

对的。但不是沿着位移反向，是沿着CV的方向。比如你的CV是两个基团的质心距离，那就把每一帧的力投影到对应帧的两个基团质心连线的方向上。以此类推

作者
Author: abing 时间: 2025-7-28 16:37

fhh2626 发表于 2025-7-28 12:47
对的。但不是沿着位移反向，是沿着CV的方向。比如你的CV是两个基团的质心距离，那就把每一帧的力投影到对 ...

明白了，谢谢老师

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