计算化学公社

标题: gaussian计算在不同强度电场作用下自由能垒，反应速率，偶极矩等变化规律的疑问 [打印本页]

作者
Author: llliii 时间: 2025-7-26 10:57
标题: gaussian计算在不同强度电场作用下自由能垒，反应速率，偶极矩等变化规律的疑问
本帖最后由 llliii 于 2025-7-27 14:53 编辑

各位老师好，我计算了孔雀石绿的阳离子部分与羟基自由基的反应，反应如图（电荷与自旋多重度设置为1 2）。
我在M06-2X/6-31G(d,p)水平对结构进行优化，找到过渡态，沿着两个成键原子的方向加了电场。在B2PLYPD3/def2TZVP水平计算了高精度单点能，然后计算出了自由能。发现当外加正向电场时，自由能垒降低，反应速率增大。但是我又计算了偶极矩和自旋密度的变化，发现随着正向电场强度的增大，偶极矩和自旋密度却减小了。原子周围自旋密度的减小应该代表着未成对电子数量的减小，这与反应速率的规律是否相悖了呢？想请各位老师看一下为什么会出现这种情况。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-26 14:07
反应的电子数没配平。先把电子数搞对再说

作者
Author: llliii 时间: 2025-7-26 15:53
本帖最后由 llliii 于 2025-7-27 10:33 编辑

wzkchem5 发表于 2025-7-26 14:07
反应的电子数没配平。先把电子数搞对再说

老师，您好，图1是我参考的一篇文献中的反应步骤，所以我把图画成了这样，或许我应该改成图2，我有些不确定，可否请您看一下？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-26 21:30

llliii 发表于 2025-7-26 15:53
老师，您好，图1是我参考的一篇文献中的反应步骤，所以我把图画成了这样，或许我应该改成图2，我有些不确 ...

氢的数目没配平。
先自己检查有没有配平，确认配平了再问我们画得对不对

作者
Author: llliii 时间: 2025-7-27 10:57

wzkchem5 发表于 2025-7-26 21:30
氢的数目没配平。
先自己检查有没有配平，确认配平了再问我们画得对不对

老师，您好，我对之前回复您的内容中的图2进行了修改，我理解为·OH的未配对电子和C原子形成了共价键，双键连接的另一个C原子有一个新的未配对电子，这也是我氢的数目没配平的原因。这个产物再得到一个电子才能形成文献中中性的分子。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-27 14:37

llliii 发表于 2025-7-27 10:57
老师，您好，我对之前回复您的内容中的图2进行了修改，我理解为·OH的未配对电子和C原子形成了共价键，双 ...

现在对了，可以按这个算。
此外，如果文献没有证明羟基自由基只能加在这里的话，最好也考虑羟基自由基与分子其他部分反应的可能性

作者
Author: llliii 时间: 2025-7-27 14:59

wzkchem5 发表于 2025-7-27 14:37
现在对了，可以按这个算。
此外，如果文献没有证明羟基自由基只能加在这里的话，最好也考虑羟基自由基与 ...

感谢您的指导，我把帖子修改了。老师，我的电荷和自旋多重度设置的1 2，没有影响到计算的结果。现在算出来的规律是我之前描述的那样，是没有分析的价值吗，所以您建议我考虑羟基自由基和其他部分反应的可能。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-7-27 16:17

llliii 发表于 2025-7-27 14:59
感谢您的指导，我把帖子修改了。老师，我的电荷和自旋多重度设置的1 2，没有影响到计算的结果。现在算出 ...

你的总体系是带电的，研究带电体系在电场里的行为，先确认gauge有没有选对。参见https://www.faccts.de/docs/orca/ ... ite-electric-fields

作者
Author: llliii 时间: 2025-7-27 16:51

wzkchem5 发表于 2025-7-27 16:17
你的总体系是带电的，研究带电体系在电场里的行为，先确认gauge有没有选对。参见https://www.faccts.de/d ...

好的，谢谢您

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)