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标题: PBC box设定为截顶八面体,为什么生成的是平行六面体? [打印本页]

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霜晨月    时间: 2017-4-2 21:08
标题: PBC box设定为截顶八面体,为什么生成的是平行六面体?
用gmx editconf -bt octahedron 命令生成一个截顶八面体的PBC box随后用gmx solvate 加水,再用VMD打开,发现PBC box是个平行六面体,也就是三斜晶(triclinic),水盒子也是个平行六面体,而且PBC box和水盒子竟然还不重合

请教大家这是怎么回事?是不是我做错了?还是正常就这样?


作者
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sobereva    时间: 2017-4-3 01:44
gmx在MD计算时候能正常用截顶八面体考虑周期边界条件,但是储存结构/轨迹的时候还是按照三斜PBC来储存的,VMD也绘制不出来截顶八面体盒子
如果你想让看到的周期性和模拟过程中用的周期性吻合,建议用矩形盒子。
作者
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霜晨月    时间: 2017-4-3 08:56
sobereva 发表于 2017-4-3 01:44
gmx在MD计算时候能正常用截顶八面体考虑周期边界条件,但是储存结构/轨迹的时候还是按照三斜PBC来储存的,V ...

谢谢Sob老师,原来如此。
我原来用矩形盒子,但蛋白发生了旋转,导致头尾相碰。用立方体盒子又太浪费。

但我已经用了消除旋转的设置:
comm-grps       = Protein
comm-mode       = angular
为什么还会旋转呢?(30ns内在YZ平面内旋转了约90度)

作者
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sobereva    时间: 2017-4-3 14:24
霜晨月 发表于 2017-4-3 08:56
谢谢Sob老师,原来如此。
我原来用矩形盒子,但蛋白发生了旋转,导致头尾相碰。用立方体盒子又太浪费。
...

看看消整体运动的频率是否也合理
按说应该能起到效果




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