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标题: 求助：预编译GROMACS对四点水模型使用-update gpu报错 [打印本页]

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Author: KazusaT 时间: 2025-7-26 14:03
标题: 求助：预编译GROMACS对四点水模型使用-update gpu报错
本帖最后由 KazusaT 于 2025-7-26 14:47 编辑

今天在使用AMBER19SB力场配套OPC水模型模拟小肽折叠-聚集过程时发现运算速度比之前慢很多，查看发现update被放到cpu了，于是添加-update gpu结果报错：
Inconsistency in user input:
Update task can not run on the GPU, because the following condition(s) were
not satisfied:
Virtual sites are not supported.

使用的是刚编译好的Windows版GROMACS 2025.2这里的GROMACS 2025.2 Windows预编译版本，随后在Ubuntu下我自己编译的GROMACS 2025.2下则可以正常-update gpu，速度没有异常，请问有人遇到相似的问题吗？这是预编译的普遍问题还是该预编译版本的问题？

【更新】Linux版本也不可以，是我测试时用了错误的文件误以为可以，应该是目前GROMACS还不支持使用OPC水模型时GPU加速PP update

作者
Author: Dempey 时间: 2025-7-26 14:38
Linux下的GROMACS应该也不能对OPC水update gpu呀，虚拟位点不支持update gpu

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-7-26 14:48

Dempey 发表于 2025-7-26 14:38
Linux下的GROMACS应该也不能对OPC水update gpu呀，虚拟位点不支持update gpu

是的是的，我刚刚查看输出文件时发现是我用了错误的文件，是不支持的，已经在帖子中更新

作者
Author: lancego24 时间: 2025-8-29 10:39

Dempey 发表于 2025-7-26 14:38
Linux下的GROMACS应该也不能对OPC水update gpu呀，虚拟位点不支持update gpu

老师好我想问一下我做的蛋白配体复合物水溶液体系，用的charmm36m力场+tip3p水模型跑100ns，版本是gromacs2025.1Windows预编译版，同样遇到了这个问题，报错也是一样的，不支持虚拟位点，我想问下这是什么原因呀，因为之前试过更复杂的加膜的体系，都可以用update gpu

作者
Author: Dempey 时间: 2025-8-29 11:52
我没用过charmm的力场，但是TIP3P没有虚拟位点，所以你需要看看你的蛋白配体是否有虚拟位点；或者你水模型用的不是TIP3P而是4P或5P这种有虚拟位点的

作者
Author: Dempey 时间: 2025-8-29 11:53

lancego24 发表于 2025-8-29 10:39
老师好我想问一下我做的蛋白配体复合物水溶液体系，用的charmm36m力场+tip3p水模型跑100ns，版本是gromac ...

见5楼，没选上回复

作者
Author: lancego24 时间: 2025-8-29 14:03

Dempey 发表于 2025-8-29 11:53
见5楼，没选上回复

明白了，谢谢老师！

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