计算化学公社

标题: 优化碘苯结束电荷28 [打印本页]
作者
Author: jifeng131381    时间: 2025-7-26 17:10
标题: 优化碘苯结束电荷28
本帖最后由 jifeng131381 于 2025-7-26 17:48 编辑

  使用orca对碘苯进行结构优化，结果用bgw文件生成单点能输入文件时发现优化后分子电荷28，结构优化inp文件设置的0电荷

作者
Author: wal    时间: 2025-7-26 17:32
本帖最后由 wal 于 2025-7-26 17:34 编辑

1 是gbw
2 gbw是二进制的，要么你转molden上传要么报orca版本号否则别人看不到里面的信息
3 是从哪里看到电荷28的
作者
Author: jifeng131381    时间: 2025-7-26 17:43
wal 发表于 2025-7-26 17:32
1 是gbw
2 gbw是二进制的，要么你转molden上传要么报orca版本号否则别人看不到里面的信息
3 是从哪里看到 ...

net charge这个是吗
作者
Author: zjxitcc    时间: 2025-7-26 17:43
本帖最后由 zjxitcc 于 2025-7-26 17:47 编辑

（1）是gbw，不是bgw。

（2）你只上传了inp和gbw文件，没讲明ORCA版本，也没有输出文件（从输出文件里可以看出ORCA版本），而gbw文件与orca_2mkl小程序二者的版本必须对应，orca_2mkl才能将gbw转化为mkl/molden文件。在不知道版本的情况下几乎无法 测试/debug。好在你这个问题很简单，不需要测试/debug也知道原因（见下）。

（3）def2-TZVP对I原子有赝势，而.mkl文件和.molden文件都有一个缺点：不含赝势信息，因此通过任何工具进行这条路线的文件转化gbw -> mkl/molden -> inp/fch/... 都会丢失赝势信息，从而造成各种小问题，例如电荷不对、赝势信息丢失等等。

（4）为什么你没问到mkl/molden，而我却提到这两种文件格式？原因：不管你用Multiwfn还是MOKIT还是其他工具做波函数文件转换，第一步都是先调用ORCA自带的orca_2mkl小程序将gbw二进制文件转化为mkl/molden任一种文本文件，随后再进行其他文件转换。所以你没讲ORCA版本，大家自然就不知道orca_2mkl是属于哪个版本ORCA的。

解决方式：这是mkl/molden文件的內秉缺点，不是去解决它，而是尽量不要做这种转换。况且你只是提取优化好的几何结构，完全没有必要这么做，ORCA本来就有输出优化过程和优化结果（均以.xyz文件形式），自己复制坐标，粘贴进原来的inp文件，几十秒的事，不要走更复杂的路线。
作者
Author: jifeng131381    时间: 2025-7-26 17:51
zjxitcc 发表于 2025-7-26 17:43
（1）是gbw，不是bgw。

（2）你只上传了inp和gbw文件，没讲明ORCA版本，也没有输出文件（从输出文件里可 ...

谢谢老师解答，明白了
作者
Author: sobereva    时间: 2025-7-26 21:32
以后提问时候必须把问题描述完整、充分。你的截图是Multiwfn载入orca_2mkl产生的molden文件提示的信息，却连Multiwfn的名字、载入的是molden文件都不提。认真把下文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

认真看下文中的文字
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）
molden格式的定义也有个明显缺点，就是没有记录核电荷数的段落，而只记录了原子序数。对于全电子基组下的计算，原子序数和核电荷数是相同的。当原子用了赝势，它的实际核电荷数等于原子序数与赝势代替的内核电子数的差值。因此，如果molden文件是在赝势下计算产生的，那么Multiwfn载入后核电荷数会当成等同于原子序数，做一些涉及到核电荷的计算，比如计算分子静电势、原子电荷，结果就完全错了。为了解决这个问题，Multiwfn在读取Molden文件的时候，把[atoms]字段的第三列，也即原子序数那一类，当做实际核电荷数来读取。因此，在赝势下计算时，只要手动把原子序数那一列改成实际核电荷数，那么Multiwfn读取后就可以正常做涉及核电荷数的分析了（Multiwfn判断原子的元素是根据molden里的原子名判断的，因此原子序数改成核电荷数后，Multiwfn并不会判断错元素）。此外，ORCA程序从6.0版开始，它产生的molden文件里对用了赝势的原子在[Pseudo]字段里给出了实际核电荷数，从2024-Sep-10更新的Multiwfn开始会自动读取之，因此就不用手动做如上修改了。





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