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标题: 构建10%体积甲醇-水体系，npt后甲醇分子出现聚集现象 [打印本页]

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Author: 真崩不住了 时间: 2025-7-27 20:04
标题: 构建10%体积甲醇-水体系，npt后甲醇分子出现聚集现象
本帖最后由真崩不住了于 2025-7-27 20:06 编辑

用sobtop获取甲醇分子的itp及top，使用gmx insert-molecules命令添加甲醇分子，gmx solvate命令加水分子（spc216），进行能量最小化，nvt（2ns），npt（10ns），发现甲醇分子聚集
请问各位大佬出现这种现象是否有错，有错如何修改

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-28 01:33
MEOH-1.itp和动力学结束后的gro文件都没上传

作者
Author: 真崩不住了 时间: 2025-7-28 11:49
感谢社长回复，以下是剩余文件

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