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标题: 如何寻找FEL最低能的构象 [打印本页]
作者
Author: HanLuyao    时间: 2025-7-28 16:12
标题: 如何寻找FEL最低能的构象
使用gmx sham生成的自由能景观图，最低能量处的索引对应了很多的帧，我应该选取哪一帧作为最具代表性的构象呢？或者有没有什么办法，最低能量处的索引只对应一帧的构象呢？
这个是shamlog.log文件的内容
  1. Minimum 0 at index 41 energy      0.000
  2. Minimum 1 at index 44 energy      9.697
  3. Minimum 2 at index 72 energy      4.926
  4. Minimum 3 at index 868 energy      8.828
  5. Minimum 4 at index 873 energy     12.421
  6. Minimum 5 at index 881 energy     13.044
  7. Minimum 6 at index 894 energy     12.078
  8. Minimum 7 at index 930 energy      7.300
  9. Minimum 8 at index 961 energy     11.385
  10. Minimum 9 at index 992 energy     16.601
  11. Minimum 10 at index 1002 energy     13.164
  12. Minimum 11 at index 1005 energy     15.436
  13. Minimum 12 at index 1007 energy     12.421
  14. Minimum 13 at index 1011 energy     20.591
  15. Minima sorted after energy
  16. Minimum 0 at index 41 energy      0.000
  17. Minimum 1 at index 72 energy      4.926
  18. Minimum 2 at index 930 energy      7.300
  19. Minimum 3 at index 868 energy      8.828
  20. Minimum 4 at index 44 energy      9.697
  21. Minimum 5 at index 961 energy     11.385
  22. Minimum 6 at index 894 energy     12.078
  23. Minimum 7 at index 873 energy     12.421
  24. Minimum 8 at index 1007 energy     12.421
  25. Minimum 9 at index 881 energy     13.044
  26. Minimum 10 at index 1002 energy     13.164
  27. Minimum 11 at index 1005 energy     15.436
  28. Minimum 12 at index 992 energy     16.601
  29. Minimum 13 at index 1011 energy     20.591
复制代码
这个是索引41对应的帧数
  1. [ 41 ]
  2. 57
  3. 58
  4. 62
  5. 90
  6. 102
  7. 112
  8. 115
  9. 117
  10. 118
  11. 132
  12. 133
  13. 134
  14. 135
  15. 136
  16. 137
  17. 139
  18. 140
  19. 144
  20. 145
  21. 154
  22. 155
  23. 156
  24. 157
  25. 159
  26. 160
  27. 161
  28. 162
  29. 169
  30. 170
  31. 172
  32. 173
  33. 174
  34. 176
  35. 177
  36. 178
  37. 179
  38. 180
  39. 181
  40. 182
  41. 183
  42. 184
  43. 185
  44. 186
  45. 187
  46. 188
  47. 189
  48. 190
  49. 191
  50. 192
  51. 193
  52. 227
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