标题: 有关GROMACS模拟Fmax未小于设定值问题 [打印本页] 作者Author: tracyKTV 时间: 2017-4-3 18:16 标题: 有关GROMACS模拟Fmax未小于设定值问题 我想请教一下老师们在进行GROMACS em模拟中始终出现类似于类似于下列的字样达不到Fmax小于设定值是什么原因造成的呢？Stepsize too small, or no change in energy.Converged to machine precision,
but not to the requested precision Fmax < 10
Double precision normally gives you higher accuracy.
writing lowest energy coordinates.
Steepest Descents converged to machine precision in 117 steps,
but did not reach the requested Fmax < 10.
Potential Energy = 9.5579719e+04
Maximum force = 8.2280664e+04 on atom 5488
Norm of force = 1.3712673e+03
模拟采用的是steep和cg算法交替计算，nsteps都是设置的10000，但一般到100步左右就终止了
作者Author: ruanyang 时间: 2017-4-3 20:19
将上一步EM优化得到的最终构型作为下一步EM模拟的初始构型，多次交替使用 steep or cg 方法进行EM的过程，直到最终的Fmax小于设定值即可！