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标题: 多糖以及氯乙酸的羧甲基化反应，找过渡态以及结构优化问题 [打印本页]

作者
Author: 唐观星 时间: 2025-7-29 00:36
标题: 多糖以及氯乙酸的羧甲基化反应，找过渡态以及结构优化问题
我想做多糖以及氯乙酸的羧甲基化反应，看不同反应位点活性大小以及相互作用强弱，主要是进行IRI分析。之前对多糖结构进行了无约束的结构优化，生成了ESP，预测了几个可能的反应位点。现在我想找到反应过渡态，来看不同位点的IRI以及IRC路径上的不同图片。但是我注意到一个问题就是我的过渡态构建的过程中是否需要约束我的糖环，还是可以直接使用无约束的优化结构，如果需要约束我的多糖结构的话，我先前做的ESP是否也需要重新计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-29 00:42
倘若没有什么理由、必要性，不应当做什么约束。从你的描述上我没看见做冻结的理由

作者
Author: 唐观星 时间: 2025-7-29 01:06

sobereva 发表于 2025-7-29 00:42
倘若没有什么理由、必要性，不应当做什么约束。从你的描述上我没看见做冻结的理由

好的，谢谢大佬，我的多糖是13链接的β葡聚糖，这样需要吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-29 01:19

唐观星发表于 2025-7-29 01:06
好的，谢谢大佬，我的多糖是13链接的β葡聚糖，这样需要吗

为什么想要冻结？冻结能起到什么好处？如果答不上来，就不要冻结。否则大概率审稿人也会问同样的问题。不要引入不必要的人为因素。

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