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标题: 求助金属离子蛋白-小分子配体结合能计算问题，考虑配位残基计算为正 [打印本页]

作者
Author: SUOLQWEE 时间: 2025-7-30 13:48
标题: 求助金属离子蛋白-小分子配体结合能计算问题，考虑配位残基计算为正
本人使用MCPB构建金属离子蛋白拓扑立场，之后使用GROMACS进行动力学模拟，最后用gmx_MMPBSA计算结合能，发现：
因为使用MCPB构建，和金属离子配位的三个残基是独立于protein的。在计算结合能时，只将protein+金属离子看做受体蛋白，计算出来的结合能很对，也符合实际实验（如图1以及MMPBSA-1文件），但残基能量分解中，金属离子结合能绝对值很大（-149.391，见res-1文件）；如果将三个配位残基也考虑在内（理论正确的方式），计算出来的结合能为正值（如图2以及MMPBSA-2文件），这种情况应该怎么办呢？注：小分子也和离子发生配位，使用的是gmxMMPBSA脚本，考虑了蛋白内部电荷，参考括号内结合能。

作者
Author: student0618 时间: 2025-8-3 00:36
小分子也有配位的话不适合MCPB配合MMPBSA吧，用nonbonded model较好。

一些相关讨论见
http://archive.ambermd.org/202011/0189.html

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