计算化学公社

标题: 配体模拟过程中构象不符合预期有没有必要使用元动力学？ [打印本页]

作者
Author: reniiiiuuu 时间: 2025-7-30 16:09
标题: 配体模拟过程中构象不符合预期有没有必要使用元动力学？
大家好，最近在做环肽配体和蛋白质模拟的时候，发现环肽配体主链上氨基的氢都一致指向环内侧（图一），我认为有些不太合理，有没有什么方法可以让他们像图二一样，元动力学可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 12:48
想多了，没什么不合理
柔性体系在MD过程中自发就会遍历各种构象，根本不需要你自己去做什么额外的事，除非有加速采样的目的

作者
Author: reniiiiuuu 时间: 2025-7-31 18:06

sobereva 发表于 2025-7-31 12:48
想多了，没什么不合理
柔性体系在MD过程中自发就会遍历各种构象，根本不需要你自己去做什么额外的事，除非 ...

好的老师，因为模拟过程中配体总是变换到图一的结构，但是我想计算在图二构象在配体和蛋白的结合能，应该如何操作呢？另外问一下老师Gromacs中级班什么时候举办？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 19:10

reniiiiuuu 发表于 2025-7-31 18:06
好的老师，因为模拟过程中配体总是变换到图一的结构，但是我想计算在图二构象在配体和蛋白的结合能，应该 ...

动力学的时候加上距离限制势，或者对关键二面角用谐振势强行维持那种构象

根本不存在什么Gromacs中级班，听谁说有中级班？
北京科音办的培训班FAQ
http://www.keinsci.com/FAQ.html

作者
Author: reniiiiuuu 时间: 2025-8-1 11:08

sobereva 发表于 2025-7-31 19:10
动力学的时候加上距离限制势，或者对关键二面角用谐振势强行维持那种构象

根本不存在什么Gromacs中级 ...

明白了谢谢老师～我之前上您初级班的时候我记得听您提到过，或许叫进阶班？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-1 12:52

reniiiiuuu 发表于 2025-8-1 11:08
明白了谢谢老师～我之前上您初级班的时候我记得听您提到过，或许叫进阶班？

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