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标题: 模拟体系经过nvt过程之后物质糅成一团 [打印本页]

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-30 20:04
标题: 模拟体系经过nvt过程之后物质糅成一团
老师们模拟的li离子在固态聚合物电解质中的传输，能量最小化后进行了nvt过程，这个过程持续了500ps，然后我检查生成的gro文件，发现如图所示，成为了一团团的，不知道我问题出现在哪？希望老师们帮忙看看，以下是我模拟文件图一是min之后的，图二是nvt之后的 (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-7-30 20:06
我看不出你的分子是什么，但看上去是有机分子，那你NVT的情况下盒子体积不变，里面的物质肯定会倾向于团聚在一起啊，说明你一开始分子填充的很稀疏

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-30 20:14

KazusaT 发表于 2025-7-30 20:06
我看不出你的分子是什么，但看上去是有机分子，那你NVT的情况下盒子体积不变，里面的物质肯定会倾向于团聚 ...

是的，一开始建立太小的话，我投放的物质有的放不进去，所以就把盒子尺寸调大了

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-30 21:55

KazusaT 发表于 2025-7-30 20:06
我看不出你的分子是什么，但看上去是有机分子，那你NVT的情况下盒子体积不变，里面的物质肯定会倾向于团聚 ...

那老师我接下来是不是可以进行npt平衡，让他密一些呢

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-7-31 04:52
可以直接进行NPT平衡，让体系逐步弛豫到一个合适的密度

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-31 10:52
本帖最后由 huangzi 于 2025-7-31 10:54 编辑

KazusaT 发表于 2025-7-31 04:52
可以直接进行NPT平衡，让体系逐步弛豫到一个合适的密度

老师我昨天npt跑了10ns，然后得出来的结构还是有很多空隙，因为我想填满我整个盒子，出现这种情况是我npt
时间不够吗还是哪的设置有问题啊，而且图中圈的这一部分物质也没有融合到团簇里一直是一个独立的

作者
Author: liuxdhs 时间: 2025-7-31 11:02

huangzi 发表于 2025-7-31 10:52
老师我昨天npt跑了10ns，然后得出来的结构还是有很多空隙，因为我想填满我整个盒子，出现这种情况是我npt ...

如果你直接做npt，还是会团在一起的。如果只是想把空隙消除，把ref_p提高到100，做高温高压的退火处理。

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-31 11:35

liuxdhs 发表于 2025-7-31 11:02
如果你直接做npt，还是会团在一起的。如果只是想把空隙消除，把ref_p提高到100，做高温高压的退火处理。

好的老师，体系形成团簇是由于没进行退火处理吗？目前我i的想法是先消除空隙，让体系看起来均匀一些，因为按照我之前模拟的10ns的npt体系是没有平衡的，我猜测可能是由于形成的团簇引起的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 12:50

体系形成团簇是由于没进行退火处理吗？

根本毫无联系
分子间存在弱相互作用，凭什么分子间不会通过吸引作用聚在一起？凭什么会一直保持分散的这种能量较高的状态？

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-31 14:56

sobereva 发表于 2025-7-31 12:50
根本毫无联系
分子间存在弱相互作用，凭什么分子间不会通过吸引作用聚在一起？凭什么会一直保持分散的这种 ...

那老师我这种算是正常的状态吗，接下来直接进行退火处理将体系消除空隙，然后平衡吗？我在想是不是因为我采用insert-molecules命令插分子的时候，建立的盒子大了，接下来我准备用packmol建立盒子，适当缩小一下，空隙也会小点

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 14:59

huangzi 发表于 2025-7-31 14:56
那老师我这种算是正常的状态吗，接下来直接进行退火处理将体系消除空隙，然后平衡吗？我在想是不是因为我 ...

消除空隙靠的是控压，控压把密度弄合理了，自然就没有空隙了

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-31 15:05

sobereva 发表于 2025-7-31 14:59
消除空隙靠的是控压，控压把密度弄合理了，自然就没有空隙了

那老师接下来还是跑npt控压吧，可能是我初始盒子建立的太大了，npt10ns之后还是分散的簇，接下来用packmol建盒子是不是会好点啊

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-7-31 17:26

huangzi 发表于 2025-7-31 15:05
那老师接下来还是跑npt控压吧，可能是我初始盒子建立的太大了，npt10ns之后还是分散的簇，接下来用packmo ...

如果你的聚电解质是直链的，你可以用packmol不断增加分子数目，直到难以产生盒子或者堆积成为一个比较合理的状态，如果你知道聚电解质的密度也可以先稍微算一下多少体积大概对应多少分子
直接npt的话肯定会分散开的，分子会由于相互作用吸引团聚在一起，这是降低能量的过程。

作者
Author: huangzi 时间: 2025-7-31 20:39

KazusaT 发表于 2025-7-31 17:26
如果你的聚电解质是直链的，你可以用packmol不断增加分子数目，直到难以产生盒子或者堆积成为一个比较合 ...

好的老师，我用packmol重新建盒子了

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