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标题: 计算多肽波函数时输入的多肽结构应该是两端不带电，还是氨基端带正电羧基端带负电 [打印本页]

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Author: zzz111zzz 时间: 2025-7-30 23:11
标题: 计算多肽波函数时输入的多肽结构应该是两端不带电，还是氨基端带正电羧基端带负电
我在做多肽和蛋白的动力学模拟时，将多肽的氨基端带正电（NH3+)羧基端带上了负电（COO-)。现在我想计算下单独多肽的ESP，请问输入的多肽结构应该是两端不带电，还是氨基端带正电（NH3+)羧基端带负电（COO-)呢？

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Author: Minnong-121 时间: 2025-7-31 10:23
正常情况下，应该是氨基端带正电（NH3+)羧基端带负电（COO-)。

作者
Author: zzz111zzz 时间: 2025-7-31 10:53

Minnong-121 发表于 2025-7-31 10:23
正常情况下，应该是氨基端带正电（NH3+)羧基端带负电（COO-)。

谢谢老师的指导，我想明确一下多肽做量子化学计算-能量优化的初始结构就应该是氨基端带正电（NH3+)羧基端带负电（COO-)吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 12:58

zzz111zzz 发表于 2025-7-31 10:53
谢谢老师的指导，我想明确一下多肽做量子化学计算-能量优化的初始结构就应该是氨基端带正电（NH3+)羧基端 ...

完全取决于体系处于什么环境。真空情况下两边不带电，中性水溶液环境下一边NH3+一边COO-。至于其它情况，结合化学知识判断该有的质子化状态

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Author: zzz111zzz 时间: 2025-7-31 15:46

sobereva 发表于 2025-7-31 12:58
完全取决于体系处于什么环境。真空情况下两边不带电，中性水溶液环境下一边NH3+一边COO-。至于其它情况， ...

感谢sob老师的回复，我们是先在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽分子进行结构优化，然后在M06-2X/def2-TZVP级别下对多肽进行单点能计算。进行结构优化和单点能计算的时候，都加了SMD溶剂模型，溶剂为水。这种情况是不是做量化前输入的初始结构就应该是氨基端带正电（NH3+)羧基端带负电（COO-)呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 18:03

zzz111zzz 发表于 2025-7-31 15:46
感谢sob老师的回复，我们是先在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽分子进行结构优化，然后在M06-2X/def2-TZVP级别下 ...

是

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Author: zzz111zzz 时间: 2025-7-31 20:20
本帖最后由 zzz111zzz 于 2025-7-31 20:39 编辑

sobereva 发表于 2025-7-31 18:03
是

谢谢sob老师的回复，我们作为新手得到您的指点真是太开心了。想再请教您一下：在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽分子（100个原子左右）进行结构优化，然后在M06-2X/def2-TZVP级别下对多肽进行单点能计算，这个选择合理吗

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Author: sobereva 时间: 2025-8-1 12:50

zzz111zzz 发表于 2025-7-31 20:20
谢谢sob老师的回复，我们作为新手得到您的指点真是太开心了。想再请教您一下：在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽 ...

可以，但B3LYP必须加D3

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Author: zzz111zzz 时间: 2025-8-1 15:19

sobereva 发表于 2025-8-1 12:50
可以，但B3LYP必须加D3

收到，谢谢sob老师的指点

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