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标题: 想请教一个关于cp2k软件中元动力学的问题，希望看到两个氮原子的结合 [打印本页]

作者
Author: syy1213 时间: 2025-7-31 11:29
标题: 想请教一个关于cp2k软件中元动力学的问题，希望看到两个氮原子的结合
我在用cp2k做一个meta-dynamic，希望看到两个氮原子（原子序号是197和199）的结合，因此我设置了这两个原子之间的距离为CV，具体如下所示：
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&COLVAR
&DISTANCE
   ATOMS 197 199  #197 199号原子之间的距离
&END DISTANCE
&END COLVAR

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但是有两个问题：
1、在输出的***-COLVAR.metadynLog文件中看到的CV值与实际情况不符合，这两个原子距离应为2埃左右，但此文件中的记录的值（如下所示）远大于2埃，请问是不是我理解错了这个文件中内容的含义？
2、我希望看到两个氮原子结合，也就是距离越来越近，但是实际模拟的结果是距离越来越远了，请问是不是我的参数设置有问题？
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   0.00000000    4.93046    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   0.50000000    4.93402    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   1.00000000    4.93761    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   1.50000000    4.94126    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   2.00000000    4.94499    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   2.50000000    4.94882    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   3.00000000    4.95277    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   3.50000000    4.95685    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   4.00000000    4.96107    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   4.50000000    4.96543    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   5.00000000    4.96994    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   5.50000000    4.97457    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000

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作者
Author: 王三土 时间: 2025-9-2 17:54
您好，您这个问题解决了吗，我最近也遇到了这个问题

不知道应该怎么解决

作者
Author: longyp 时间: 2025-9-26 16:38
我也遇到了这个问题

作者
Author: zengqing 时间: 2025-9-29 20:33
1.你单位混淆了，输出文件的cv单位为玻尔，不是埃，因此将需要其换算为以埃为单位的数值，如cv4.93换算为埃为4.93*0.529=2.59埃，因此与实际符合的
2.可以给cv值设置一个上限，使cv值超过某个数值会反弹回来，这样子也许能观察到N结合

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