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标题: 求助CP2K计算透明质酸在锌表面的吸附时，进行结构优化，能量升高，小分子结构被破坏 [打印本页]

作者
Author: jamesl 时间: 2025-7-31 12:34
标题: 求助CP2K计算透明质酸在锌表面的吸附时，进行结构优化，能量升高，小分子结构被破坏
本帖最后由 jamesl 于 2025-7-31 12:41 编辑

各位好，我在使用CP2K计算透明质酸在锌表面的吸附时，对透明质酸进行了结构优化，在优化过程中，能量始终在升高，而且分子原有的结构被破坏，发生了明显的变形。
使用Multiwfn生成了输入文件，使用的泛函为PBE，基组为DZVP-MOLOPT-SR-GTH，截断能和相对阶段能分别为1000和90Ry，采用了三维周期性边界条件，为了与锌的计算参数一致，开启了smearing，输入文件如下，请问应该如何解决这一问题

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 12:34
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 12:37
没有输出文件、优化过的轨迹文件没法判断

作者
Author: jamesl 时间: 2025-7-31 12:41

sobereva 发表于 2025-7-31 12:37
没有输出文件、优化过的轨迹文件没法判断

sob老师，我上传了输出文件和轨迹文件，请您看看是什么问题

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-31 13:25

jamesl 发表于 2025-7-31 12:41
sob老师，我上传了输出文件和轨迹文件，请您看看是什么问题

把D4改成D3再试

作者
Author: ultramanm87 时间: 2025-8-1 00:53
透明质酸是聚合物吧，从建模的角度先确认下你截出来的这一部分的合理性。然后这么多羟基羧基考虑下溶剂的效应？

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