计算化学公社

标题: 关于隐式水和显式水模型的能量计算问题？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2017-4-5 09:46
标题: 关于隐式水和显式水模型的能量计算问题？
构建高斯模型时，有个疑问一直没有弄明白。金属离子参与到配位反应中，但实际上溶液中水分子和金属离子之间也会发生反应（如果氢氧根），如果构建显式模型，添加水分子的个数是个问题（理论上应该众多水分子通过水腔与金属离子成键）；如果构建隐式模型，不知道理论上的高斯内的隐式水模型是否自动考虑其与金属离子的（水-离子）的成键作用？不知道大家如何处理这种体系？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-5 10:19
“如果氢氧根”是何物？
隐式溶剂模型下没法表现水与金属离子的配位作用，而且隐式溶剂模型对于离子体系，尤其是高价离子，误差会很大，算出来的溶解自由能误差也比中性大一个数量级。

显式模型下，金属离子一般按照水合离子处理，水与金属形成配位键，能形成的数目是有限的。

作者
Author: lao7 时间: 2017-4-5 11:19

sobereva 发表于 2017-4-5 10:19
“如果氢氧根”是何物？
隐式溶剂模型下没法表现水与金属离子的配位作用，而且隐式溶剂模型对于离子体系， ...

谢谢！也就是说，显示模型处理，可以适当多加点水分子，让其形成形成充足的“水-离子”配位键？一般，对于常见金属离子，添加多少水分子较为合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-5 13:01

lao7 发表于 2017-4-5 11:19
谢谢！也就是说，显示模型处理，可以适当多加点水分子，让其形成形成充足的“水-离子”配位键？一般，对 ...

恩，尽可能充分地形成配位键，这样和实际一致
加多少也看具体金属离子接受配体的能力，不同离子不同。
把配位水都考虑之后，更外层的水是否考虑就影响不大了，靠隐式溶剂模型描述即可（即杂化溶剂模型）

作者
Author: lao7 时间: 2017-4-9 12:23

sobereva 发表于 2017-4-5 13:01
恩，尽可能充分地形成配位键，这样和实际一致
加多少也看具体金属离子接受配体的能力，不同离子不同。
...

谢谢！我按照化学上已有的既定配位能力设置水分子数目。

作者
Author: 花开半夏 时间: 2018-9-30 21:48
Sob老师，我想找一个反应（水是反应物之一）的过渡态，水和其他的分子能够形成氢键，想请教下这种情况下也需要同时考虑显式水和隐式水模型吗？只用显式水可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-30 21:51

花开半夏发表于 2018-9-30 21:48
Sob老师，我想找一个反应（水是反应物之一）的过渡态，水和其他的分子能够形成氢键，想请教下这种情况下也 ...

量化计算中一般用显式溶剂模型的时候都和隐式溶剂模型结合使用，这样对溶剂效应考虑才完整、充分

作者
Author: 花开半夏 时间: 2018-9-30 22:01
多谢sob老师的指点，还有一个问题，对于水参与的反应，应该算几个水合理呢，有没有可供参考的标准，还是具体问题具体分析。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-30 22:25

花开半夏发表于 2018-9-30 22:01
多谢sob老师的指点，还有一个问题，对于水参与的反应，应该算几个水合理呢，有没有可供参考的标准，还是具 ...

具体问题具体分析

作者
Author: 花开半夏 时间: 2018-10-1 10:53
好的，谢谢sob老师！

作者
Author: hakuna 时间: 2018-10-1 11:34

花开半夏发表于 2018-9-30 21:48
Sob老师，我想找一个反应（水是反应物之一）的过渡态，水和其他的分子能够形成氢键，想请教下这种情况下也 ...

参考一下离子水化数

作者
Author: 花开半夏 时间: 2018-10-2 14:42
多谢您的解答，搜了一些资料还不是特别明白，请问您有可供参考的文献之类的资料吗？

作者
Author: little轲 时间: 2019-2-15 11:01

sobereva 发表于 2018-9-30 22:25
具体问题具体分析

sob老师，我有一个体系，溶剂（HFIP）可能跟试剂间形成氢键。于是我在隐式溶剂模型下（仍设此时的溶剂是HFIP）,计算HFIP和试剂形成氢键的结构。请问能否这样做？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-15 11:02

little轲发表于 2019-2-15 11:01
sob老师，我有一个体系，溶剂（HFIP）可能跟试剂间形成氢键。于是我在隐式溶剂模型下（仍设此时的溶剂是H ...

能

作者
Author: 护卫天使 时间: 2022-10-5 13:25

sobereva 发表于 2017-4-5 10:19
“如果氢氧根”是何物？
隐式溶剂模型下没法表现水与金属离子的配位作用，而且隐式溶剂模型对于离子体系， ...

老师好，按您说的，铜的络合物构型是不是可以是Cu(配体)(h2o)n,而不是Cu(配体)(oh)2(h2o)n?

作者
Author: chands 时间: 2022-10-5 14:12

护卫天使发表于 2022-10-5 13:25
老师好，按您说的，铜的络合物构型是不是可以是Cu(配体)(h2o)n,而不是Cu(配体)(oh)2(h2o)n?

如果没有其他信息（如文献）排除其中一种情况，两种都有可能。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)