计算化学公社

标题: 关于GROMACS多肽与受体间氢键数据绘图问题 [打印本页]
作者
Author: 樊樊樊    时间: 2025-7-31 22:32
标题: 关于GROMACS多肽与受体间氢键数据绘图问题
背景介绍：
本人有一点R语言背景，在了解到Gromacs的XVG数据输出格式能用R打开后，写了一些处理xvg的基础脚本，比如RMSD，RMSF，氢键数目和时间关系等。
在网上了解到有个R包叫MDplot，其能快捷绘制包括如图1的所有数据图表，但是在绘制氢键的时候出现了一些问题，他能绘制如图2的氢键随时间变化图表，甚至标注上互作氨基酸（由于图片太多我就用PPT把1，2放1张图上啦） (, 下载次数 Times of downloads: 3)
我觉得这甚是好看，于是想用这个尝试绘制，但发现一个问题它需要提供两个数据： this function requires two different files: the summary of the hbond program and the time series file：氢键程序摘要，和时间序列，他给的实例代码中需要这两个文件：      hbond_ts_example_GROMACS.xpm；hbond_example_GROMACS.txt，两个文件在给的实例文件夹中，用记事本打开如图三a，b。背景介绍完毕。

问题：
我通过gmx hbond -h查看了相关命令，没发现有生成xpm的命令呀，并且图3（a）中的文件也不知道是如何生成的，希望各位老师指导，比如请问GMX本身是否能够生成这两个文件（我在网上查找没查到，又去问了GPT也不行）使用什么软件或者脚本能够生成这种文件？

感谢各位老师！！！

作者
Author: student0618    时间: 2025-7-31 23:11
试试gmx hbond-legacy ?https://manual.gromacs.org/curre ... x-hbond-legacy.html
作者
Author: sobereva    时间: 2025-8-1 02:20
氢键存在性矩阵用gmx hbond的-hbm选项就能产生，都没必要用额外的工具
作者
Author: 樊樊樊    时间: 2025-8-1 10:03
student0618 发表于 2025-7-31 23:11
试试gmx hbond-legacy ?https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-hbond-legacy.html

感谢老师，我去看了legacy的相关命令，昨晚搞定啦
作者
Author: 樊樊樊    时间: 2025-8-1 10:04
sobereva 发表于 2025-8-1 02:20
氢键存在性矩阵用gmx hbond的-hbm选项就能产生，都没必要用额外的工具

感谢Sob老师的回复，我成功搞定XPM和log文件啦，虽然还不是很完美，我晚上在研究一下，谢谢老师



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