计算化学公社

标题: 咨询一下ONIOM中如何实现GAFF力场呢？谢谢指点 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-5 10:51
标题: 咨询一下ONIOM中如何实现GAFF力场呢？谢谢指点
ONIOM中没有GAFF力场，如果想和MD统一起来，因为MD采用的GAFF力场。ONIOM中如何设置GAFF力场呢？
下面是UFF力场的文件：
# ONIOM(b3lyp/6-31g(d):UFF=qeq) geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C             0 0.44315994 1.51239445 0.01979826 H
H             0 0.79981437 0.50358445 0.01979826 H
H             0 0.79983278 2.01679264 0.89344977 H
H             0 0.79983278 2.01679264 -0.85385324 H
H             0 -0.62684006 1.51240764 0.01979826 H
C             0 -0.57803471 -1.39679742 -0.01828502 L
H             0 -0.22138028 -2.40560743 -0.01828502 L
H             0 -0.22136187 -0.89239923 0.85536648 L
H             0 -0.22136187 -0.89239923 -0.89193652 L
H             0 -1.64803471 -1.39678424 -0.01828502 L

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0 10 1.0
7
8
9
10
如果想用GAFF力场，整个应该如何修改呢？

谢谢指点

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-5 13:03
让ONIOM计算时读取额外的参数信息，看手册hardfirst、softfirst关键词，并把需要用GAFF力场描述的那部分参数按照Gaussian支持的力场参数格式写在输入文件末尾即可
exploring第三版的ONIOM部分我记得有读取额外参数的例子你可以参考

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-5 19:02

sobereva 发表于 2017-4-5 13:03
让ONIOM计算时读取额外的参数信息，看手册hardfirst、softfirst关键词，并把需要用GAFF力场描述的那部分参 ...

偶，好的，谢谢sob老师。

作者
Author: myyang 时间: 2017-4-7 00:23
sob老师，您好，我最近也同楼主在做同样的事情，希望在oniom中使用gaff力场，我已经把amber中的参数文件改成高斯支持的参数文件。现在我测试了一个例子，发现用高斯计算和amber计算的bond,angle,dihandral,以及范得华相互作用项都基本一致，唯独库伦项有差别（给的电荷一致），为什么呢，我的问题可能出在哪里，求指导，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-7 05:10

myyang 发表于 2017-4-7 00:23
sob老师，您好，我最近也同楼主在做同样的事情，希望在oniom中使用gaff力场，我已经把amber中的参数文件改 ...

应当是静电计算的方式上不同，比如amber程序里是否用了PME，或者特定距离的截断半径等等，这都会和Gaussian产生分歧。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-7 08:16

myyang 发表于 2017-4-7 00:23
sob老师，您好，我最近也同楼主在做同样的事情，希望在oniom中使用gaff力场，我已经把amber中的参数文件改 ...

你好，你是如何把amber外参数加入高斯支持文件的呢？我没用过amber，我以为直接写amber就行了呢。
方便发个例子看看吗？谢谢指点

作者
Author: myyang 时间: 2017-4-7 09:18

sobereva 发表于 2017-4-7 05:10
应当是静电计算的方式上不同，比如amber程序里是否用了PME，或者特定距离的截断半径等等，这都会和Gaus ...

谢谢sobl老师，我再仔细的check 他们静电计算所采用的公式。

作者
Author: myyang 时间: 2017-4-7 09:25

小范范1989 发表于 2017-4-7 08:16
你好，你是如何把amber外参数加入高斯支持文件的呢？我没用过amber，我以为直接写amber就行了呢。
方便 ...

Gaussian中所自带的Amber力场不是gaffl力场，而且很多原子类型都没有，所以需要像sob老师说的那样自己额外给。
如下是我用guassian gaff 立场计算乙烷单点的例子：
%chk=test-1.chk
%nproc=16
%mem=1200MW
#p amber=(softonly)  nosymm

Title Card Required

0 1
C-c3--0.094100       0.1450 -0.6740 -0.0040
H-hc-0.031700       0.5020 -1.6830 -0.0040
H-hc-0.031700       0.5020 -0.1700 -0.8780
H-hc-0.031700       -0.9250 -0.6740 -0.0040
C-c3--0.094100       0.6590    0.0520    1.2530
H-hc-0.031700       1.7290    0.0520    1.2530
H-hc-0.031700       0.3020    1.0600    1.2530
H-hc-0.031700       0.3020 -0.4530    2.1270

@./GAFF2-new.prm

在这个文件中， GAFF2-new.prm 是我根据amber的gaff的力场参数文件（gaff2.dat)改成高斯能识别的格式，这个可以自己写个小程序来处理。可以参照amber和Gaussian 的说明书。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-4-7 11:03

myyang 发表于 2017-4-7 09:25
Gaussian中所自带的Amber力场不是gaffl力场，而且很多原子类型都没有，所以需要像sob老师说的那样自己额 ...

偶，这样子，谢谢指点，我尝试一下，谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)