计算化学公社

标题: 求助能量最小化后体系能量还是很高 [打印本页]

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Author: huangzi 时间: 2025-8-2 17:14
标题: 求助能量最小化后体系能量还是很高
老师们我模拟的是li在固态聚合物电解质中的传输，首先计算了litfsi和聚合物的resp电荷，然后用packmol产生174个锂离子、174个tfsi离子、20个聚合物链均匀混合的12*12*12nm的立方盒子，名为mix1.pdb，之后又通过sobtop产生上述聚合物和锂离子基于GAFF力场的itp、top、以及gro文件，由于tfsi离子利用guess的形式有几处二面角参数为0，因此我利用fchk文件，采用mSeminario method
计算了相应参数，后来写了主top文件，相应文件已上传。

问题1：用gromacs做了能量最小化的计算后，发现体系的能量还是很大，想问问是哪一方面出了问题

问题2：考虑到可能是盒子建的大小的原因，又重新将盒子建大，还是一样的问题

希望老师们指点一二。

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

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Author: sobereva 时间: 2025-8-2 21:08
老生常谈的问题。凡是柔性普通有机分子（无论中性还是离子），一律应当默认用GAFF或GAFF2，而不是基于Hessian计算力常数，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

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Author: huangzi 时间: 2025-8-2 21:31

sobereva 发表于 2025-8-2 21:08
老生常谈的问题。凡是柔性普通有机分子（无论中性还是离子），一律应当默认用GAFF或GAFF2，而不是基于Hessi ...

老师，我tfsi离子一开始用的gaff力场，但dihedrals 参数有的不存在，如图所示，假如用这个这种情况不会影响模拟吗？我聚合物用的gaff力场，我单独将聚合物进行了能量最小化，他的能量也是超级高，没降下去 (, 下载次数 Times of downloads: 4)

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Author: sobereva 时间: 2025-8-2 22:00

huangzi 发表于 2025-8-2 21:31
老师，我tfsi离子一开始用的gaff力场，但dihedrals 参数有的不存在，如图所示，假如用这个这种情况不会影 ...

尝试GAFF2，带的参数更多

明明受力都已经收敛了，在意能量高低毫无意义，这根本不是你需要关注的

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Author: huangzi 时间: 2025-8-2 22:03

sobereva 发表于 2025-8-2 22:00
尝试GAFF2，带的参数更多

明明受力都已经收敛了，在意能量高低毫无意义，这根本不是你需要关注的

好的谢谢sob老师，我现在重新尝试一下

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Author: huangzi 时间: 2025-8-3 02:22
本帖最后由 huangzi 于 2025-8-3 02:24 编辑

sobereva 发表于 2025-8-2 22:00
尝试GAFF2，带的参数更多

明明受力都已经收敛了，在意能量高低毫无意义，这根本不是你需要关注的

卢老师，我尝试用了gaff2发现还是missing，如图所示，那接下来是要按照这样模拟吗?还是换一种方法啊

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Author: sobereva 时间: 2025-8-3 02:43

huangzi 发表于 2025-8-3 02:22
卢老师，我尝试用了gaff2发现还是missing，如图所示，那接下来是要按照这样模拟吗?还是换一种方法啊

如果追求严谨，做二面角势能面扫描并拟合参数，补进sobtop的bonded_param.dat。如果对这个分子自身构象并不关心，bonded_param.dat里找其它的二面角势函数凑合借用

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Author: huangzi 时间: 2025-8-3 10:43

sobereva 发表于 2025-8-3 02:43
如果追求严谨，做二面角势能面扫描并拟合参数，补进sobtop的bonded_param.dat。如果对这个分子自身构象并 ...

好的谢谢老师

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