计算化学公社

标题: 求助对由vmd生成的SDF图的优化 [打印本页]

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-8-4 11:43
标题: 求助对由vmd生成的SDF图的优化
各位老师好，我的体系是Na2.9Sb0.95W0.05S3.95I0.05，首先我用cp2k跑了14ps产生了xyz轨迹，后在vmd中通过volmap工具生成了SDF图，如下图所示，显示了Na+在空间各点处的分布概率，但是我在想有没有办法对其进行进一步的优化，最终想做成和文献类似的效果。最好同时能够得出Na+在每点分布的具体概率值。请赐教!

作者
Author: 乐平 时间: 2025-8-4 16:37
首先，你这两张截图哪一张你计算的？哪一张是文献的？

其次，这两张截图除了配色和 isosurface 的数值不同，在我看来也没有什么明显的差别……

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-8-4 17:09

乐平发表于 2025-8-4 16:37
首先，你这两张截图哪一张你计算的？哪一张是文献的？

其次，这两张截图除了配色和 isosurface 的数值不 ...

谢谢您的回复。标示（b)图的是我自己做的，标示C的两幅图是文献图片，（b）是我在vmd中做的，但是感觉等值面形状有些奇怪，但是不太知道怎么去优化，希望老师可以指点一下

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-4 17:21
如果你嫌等值面不够光滑，跑更长的轨迹，以及尝试减小格点间距

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-8-4 17:29

sobereva 发表于 2025-8-4 17:21
如果你嫌等值面不够光滑，跑更长的轨迹，以及尝试减小格点间距

感谢卢老师的答复。请问后者应该如何实现呢？我目前只有cp2k生成xyz、restart文件等，之前有想过把.xyz文件转成.cube文件，但是不知道具体怎么操作

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-4 17:36

19821838673 发表于 2025-8-4 17:29
感谢卢老师的答复。请问后者应该如何实现呢？我目前只有cp2k生成xyz、restart文件等，之前有想过把.xyz文 ...

volmap里直接可以设格点间距
volmap可以导出dx格式的格点数据文件，载入Multiwfn后，通过主功能13的选项0可以导出cube文件

作者
Author: 19821838673 时间: 2025-8-4 17:38

sobereva 发表于 2025-8-4 17:36
volmap里直接可以设格点间距
volmap可以导出dx格式的格点数据文件，载入Multiwfn后，通过主功能13的选项 ...

感谢卢老师！我去操作下看看！

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