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标题: gromacs关于mdrun -rerun的问题 [打印本页]

作者
Author: 好好学习打怪兽 时间: 2017-4-5 15:21
标题: gromacs关于mdrun -rerun的问题
求助各位老师，gromacs rerun后，energy 提出两个残基间的LJ和Coul两个项后，荧幕上输出的rmsd tot-drift分别指的是什么？为什么同一轨迹下的两个能量项的rmsd不同？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-4-5 16:28
本来这俩能量项数值就不同，rmsd那些当然不同。
rmsd主要反映你考察的量随时间的波动程度，energy drift看https://en.wikipedia.org/wiki/Energy_drift

作者
Author: 好好学习打怪兽 时间: 2017-4-6 10:23
谢谢sobereva老师，茅塞顿开啊，之前对rmsd的理解太狭隘了

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