计算化学公社

标题: 求助gromacs文件有办法降版本吗 [打印本页]

作者
Author: dodobird1 时间: 2025-8-4 22:29
标题: 求助gromacs文件有办法降版本吗
我在自己电脑上（安装的gmx 2025.1）运行了某个体系的模拟，现在scp到学校服务器上（gmx 2024.4）去加长计算时间的时候就出现了问题，就是读取输入文件的时候出现Fatal error: reading tpx file (md.tpr) version 137 with verion 134 program
有办法把version 137的文件降级成version 134能读取的格式吗？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-8-4 22:34
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-8-4 22:41 编辑

用conda装个gmx就完了，环境交给conda管理。参考这边https://anaconda.org/conda-forge/gromacs/files?page=4
或者在本机再编译安装个低版本gmx，并搞个module来管环境变量。

作者
Author: student0618 时间: 2025-8-4 22:34
gro top itp mdp等文件传到服务器上用2024.4grompp，或自己在服务器上装新版本2025.1跑。

作者
Author: dodobird1 时间: 7 day ago

Stardust0831 发表于 2025-8-4 22:34
用conda装个gmx就完了，环境交给conda管理。参考这边https://anaconda.org/conda-forge/gromacs/files?page ...

因为我的后续所有计算都是在服务器上进行的，都是2024.4的格式，所以说理论上应该统一都用2024.4比较合适

作者
Author: dodobird1 时间: 7 day ago

student0618 发表于 2025-8-4 22:34
gro top itp mdp等文件传到服务器上用2024.4grompp，或自己在服务器上装新版本2025.1跑。

嗯嗯，我试试

作者
Author: Stardust0831 时间: 7 day ago

dodobird1 发表于 2025-8-5 08:03
因为我的后续所有计算都是在服务器上进行的，都是2024.4的格式，所以说理论上应该统一都用2024.4比较合适

我意思是装个新的2024.4的gmx，用conda装或者重新编译都可以，环境变量用conda或者module管理，可以让不同版本的gmx共存。
我说的思路是基于：”服务器是是linux系统，本地是linux或者是windows系统里开wsl“的情况，我不怎么遇到服务器也是windows系统的情况。

作者
Author: 13277552957 时间: 7 day ago
在本地自己电脑装个和服务器同版本的最简单方便

作者
Author: dodobird1 时间: 7 day ago
如果说在自己电脑上安装个2024.4，是要重新跑一遍这个任务才行吗？

作者
Author: 13277552957 时间: 3 day ago

dodobird1 发表于 2025-8-5 12:10
如果说在自己电脑上安装个2024.4，是要重新跑一遍这个任务才行吗？

只用重新生成tpr文件就行

作者
Author: dodobird1 时间: 前天 08:03

13277552957 发表于 2025-8-9 16:41
只用重新生成tpr文件就行

好的，谢谢

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