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标题: 如何找到Fe2O3和MnO2的特定晶体的资源 [打印本页]

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Author: 2429783189 时间: 2025-8-5 00:56
标题: 如何找到Fe2O3和MnO2的特定晶体的资源
大家好，一名师哥想让我尝试练练手算一个Fe2O3和MnO2对于小分子的吸附，他在说明里这样写：α-Fe₂O₃（110）面表面模型、MnO₂表面模型（mp-567259），我对于晶体计算并不擅长，连入门都不一定算得上，目前正在学习CP2K培训班，难以理解（110）面和（mp-567259）是什么意思，询问师哥表示让我自己想，我尝试在google中搜索也无法找到对应的晶体，想请问一下各位老师，表述：α-Fe₂O₃（110）面表面模型中的“110”和MnO₂表面模型（mp-567259）中的“mp-567259”是什么意思，如何找到对应的晶体呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-8-5 01:55
(110)是晶面的Miller指数，随便找一本介绍晶体学的教科书都会讲，也可以看https://en.wikipedia.org/wiki/Miller_index
mp-567259是material project数据库里的编号，进入这个库直接根据编号就能进入体系的页面、下载几何优化完的晶体结构文件。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）一开始的“晶体结构和材料高通量筛选的库”部分就已经介绍了这个库，这部分还没学的话先学了。

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-5 09:30
这有点猛啊，考虑到MnO2是顺磁性的、Fe2O3是铁磁性的，此类体系表面吸附问题一大难点在于让CP2K的SCF顺利收敛，原子初始磁矩/自旋多重度的设置极为关键，看http://sobereva.com/665与http://bbs.keinsci.com/thread-28941-1-1.html（注意后者所说的设置对应晶体体相情况，相比表面简单不少）。

既然师哥认为这算“练练手”，或许他已经有计算经验、找到过能顺利收敛的磁矩设置，建议仔细问清楚他的处理方法，最好也以完整可重复的CP2K输入文件的形式分享到论坛上来（）

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-8-5 11:15

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-5 09:30
这有点猛啊，考虑到MnO2是顺磁性的、Fe2O3是铁磁性的，此类体系表面吸附问题一大难点在于让CP2K的SCF顺利收 ...

确实，这种体系要弄DFT+U都有可能

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Author: 2429783189 时间: 5 day ago
本帖最后由 2429783189 于 2025-8-8 23:25 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-5 09:30
这有点猛啊，考虑到MnO2是顺磁性的、Fe2O3是铁磁性的，此类体系表面吸附问题一大难点在于让CP2K的SCF顺利收 ...

@sobereva @Stardust0831 谢谢各位老师的回复，我翻阅了一下站内帖子，参考了一下帖子http://bbs.keinsci.com/thread-31579-1-1.html，决定先用GFN1-xTB整个靠谱的初猜，结果发现连GFN1-xTB都无法收敛，至少完全没有一点要收敛的趋势，输入和输出文件已贴在附件，想请问一下各位老师这应该如何解决呢？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 4 day ago

2429783189 发表于 2025-8-8 23:19
@sobereva @Stardust0831 谢谢各位老师的回复，我翻阅了一下站内帖子，参考了一下帖子http://bbs.keinsci ...

GFN1-xTB对过渡金属氧化物的可靠性未知，应该直接用PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH来算。先从晶体体相的单点开始尝试，等能找到合适的原子磁矩、自旋多重度使SCF收敛后，再考虑切表面优化。另外一般切表面的习惯是在z轴方向留真空区、按XY二维周期性计算，当前三斜盒子往x轴方向留真空区看得有点别扭。

作者
Author: 2429783189 时间: 4 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-9 00:03
GFN1-xTB对过渡金属氧化物的可靠性未知，应该直接用PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH来算。先从晶体体相的单点开始 ...

好的好的，太感谢老师了，初步的收敛问题在老师的指导下已经在尝试中解决了，但是我发现我的计算没有生成.molden和.RESTART文件，只有.wfn文件，前者查看http://sobereva.com/651帖子顺利输出，但是搜了一圈并没有发现如何生成.RESTART文件的方法，想请问一下老师我的输入文件哪里有问题无法生成.RESTART文件呢？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 4 day ago

2429783189 发表于 2025-8-9 00:52
好的好的，太感谢老师了，初步的收敛问题在老师的指导下已经在尝试中解决了，但是我发现我的计算没有生成 ...

不同文件的大小写、记录内容、产生方式不一样，需要区分清楚：

*-RESTART.wfn（不开k点计算时）或*-RESTART.kp（开k点计算时）是记录波函数的二进制文件，由&FORCE_EVAL/&DFT/&SCF/&PRINT/&RESTART（以及&RESTART_HISTORY）字段控制，在各种任务中都能输出；

*-1.restart是记录原子坐标等体系状态的文本型输入文件，由&MOTION/&PRINT/&RESTART（以及&RESTART_HISTORY）字段控制，只与几何优化和分子动力学等移动原子的任务有关，在单点能计算中一般不输出。

方便如我2楼所说的，将能收敛的完整输入输出文件打包压缩并分享一下么？

作者
Author: 2429783189 时间: 前天 14:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-9 14:49
不同文件的大小写、记录内容、产生方式不一样，需要区分清楚：

*-RESTART.wfn（不开k点计算时）或*-RE ...

抱歉我指的是GFN-xTB1级别的收敛，DFT下的收敛我还在尝试，等收敛成功我一定上传相关文件

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