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标题: 求教石墨电极-电解液界面建模的正确流程 [打印本页]

作者
Author: liuhao 时间: 2025-8-5 13:19
标题: 求教石墨电极-电解液界面建模的正确流程
各位大佬，我在进行石墨电极-电解液界面的模拟，考察界面离子分布情况，示意图如图，在建模时遇到困难。
查阅文献，目前有两种建模方案，我都进行了尝试，但都卡在了建模。
方案一。先把电解液体相用NPT跑平衡，后在两侧加石墨电极，用NVT继续跑。我尝试了这种方案，电解液体相使用NPT时，需要盒子的X和Y尺寸不变，以匹配石墨电极的尺寸。这里我使用了pcoupltype = semiisotropic，X和Y的可压缩系数设为0。但是跑完发现，X和Y的尺寸仍有明显变化，如附件的图中所示。我的问题是，有无其他有效的方法，能使电解液体相在NPT过程中，X和Y的尺寸能够保持不变，只有Z的尺寸变化。输入文件见附件。
方案二。直接固定两石墨电极的X和Y的尺寸，以及固定两石墨电极中间的Z的尺寸。根据已有的XYZ的尺寸填入电解液，直接NVT。我的问题是，电解液中的阴阳离子、溶剂分子的数量如何确定？
最后一个问题，我应该继续采用上述两种方案建模，还是有其他的更好的方案可以借鉴？

作者
Author: THESKY 时间: 2025-11-7 14:16
您好，我也遇到了这个问题，请问您解决了吗

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-7 17:55
方案二的话可以按电解液的密度及盒子volume算数目。

作者
Author: liuhao 时间: 2025-11-8 15:45

student0618 发表于 2025-11-7 17:55
方案二的话可以按电解液的密度及盒子volume算数目。

请问这种情况应该如何计算啊，求教

作者
Author: student0618 时间: 2025-11-9 17:04
1. 找目标温度下的电解液密度
2. 按电解液的密度、质量、盒子体积，计算达到这密度需要的分子数

作者
Author: liuhao 时间: 2025-11-10 15:35

student0618 发表于 2025-11-9 17:04
1. 找目标温度下的电解液密度
2. 按电解液的密度、质量、盒子体积，计算达到这密度需要的分子数

感谢大佬，我琢磨琢磨

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-11-10 16:27
这个Snapshot是文献SI的图吧？很巧，这个论文和模拟的原作者在这里

，碰巧点进来就看到了。当时跑完了体相的模拟后，根据平衡后的密度和分子个数的比例，建立了两极板之间的电解液的模型，然后把两极板的结构文件和电解液的结构文件拼在一起就可以了。当然做法很多种，只是我当时是这么去做的，因为我有现成的电极模型的结构文件，所以就这么干了，比较方便。

作者
Author: liuhao 时间: 2025-11-11 20:05
本帖最后由 liuhao 于 2025-11-11 20:08 编辑

Dreamer1 发表于 2025-11-10 16:27
这个Snapshot是文献SI的图吧？很巧，这个论文和模拟的原作者在这里，碰巧点进来就看到了。当时跑 ...

哇太巧了大佬，我看到你们的模拟做的非常nice，想着借鉴一下你们的工作。感谢大佬的建议，那我试一试。就是先用NPT跑体相电解液，平衡后，根据当前密度和粒子数来建模，然后把两电极加在两侧，然后直接NVT。

作者
Author: Dreamer1 时间: 2025-11-11 22:37

liuhao 发表于 2025-11-11 20:05
哇太巧了大佬，我看到你们的模拟做的非常nice，想着借鉴一下你们的工作。感谢大佬的建议，那我试一试。就 ...

建议后面建电解液时，用packmol建，因为密度/分子个数比已经是达到饱和且合适的比例了，如果按照这个比例，用gmx插，不见得能成功，用packmol会比较高效地建好。可能还会遇到一些细节性的问题，可以后面再讨论

作者
Author: liuhao 时间: 2025-11-13 08:44

Dreamer1 发表于 2025-11-11 22:37
建议后面建电解液时，用packmol建，因为密度/分子个数比已经是达到饱和且合适的比例了，如果按照这个比例 ...

感谢大佬，我尝试一下

作者
Author: asss 时间: 2025-12-4 12:02
大佬，请问你的石墨烯用的什么力场

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