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标题: 如何计算出大于0的结合能，以一篇AM为例 [打印本页]

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-5 14:28
标题: 如何计算出大于0的结合能，以一篇AM为例
模型键线式
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计算参数如下
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请教大家，如何计算出SCOF-2对Li2S6是比较负的结合能，算SCOF-2对S6是比较正的“结合能”？

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-5 14:29

作者
Author: wal 时间: 2025-8-5 14:37
本帖最后由 wal 于 2025-8-5 15:07 编辑

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-5 14:50

wal 发表于 2025-8-5 14:37
不会是随便摆的吧

也许吧。
毕竟是电池方向业内大佬的文章，我还是尽可能去相信其有什么深意是我没能揣摩出来的。

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-8-5 14:57

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 14:50
也许吧。
毕竟是电池方向业内大佬的文章，我还是尽可能去相信其有什么深意是我没能揣摩出来的。

我最近算电池体系也遇到一例非常奇怪的interaction energy是正的。1eV多。
级别是PBE-D3/TZVP-MOLOPT-GTH//PBE-D3/DZVP-MOLOPT-SR-GTH
还是我自己亲手用cp2k算的。
绷不住了。

我最近检查一下统一基组有没有用吧

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-8-5 15:00

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 14:50
也许吧。
毕竟是电池方向业内大佬的文章，我还是尽可能去相信其有什么深意是我没能揣摩出来的。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-5 15:07

Stardust0831 发表于 2025-8-5 14:57
我最近算电池体系也遇到一例非常奇怪的interaction energy是正的。1eV多。
级别是PBE-D3/TZVP-MOLOPT-GT ...

我好奇的是这种孤立结构，如果两者之间有正的“结合能” ，为何不能几何结构弛豫消解势能从而降低复合物能量？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-8-5 15:14

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 15:07
我好奇的是这种孤立结构，如果两者之间有正的“结合能” ，为何不能几何结构弛豫消解势能从而降低复合 ...

肯定要弛豫的呀。
某些文献里的既不几何优化得到的、又不是高精度实验测得的纯手动建模的结构没啥意义。

我的情况是我正常几何优化过了，但是高精度单点得到的还是正的结合能。我在排查是不是换基组的原因，我cutoff啥的都是统一的。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-5 15:33

Stardust0831 发表于 2025-8-5 15:14
肯定要弛豫的呀。
某些文献里的既不几何优化得到的、又不是高精度实验测得的纯手动建模的结构没啥意义。 ...

就当前这个模型这个计算参数，还有没有什么可能正常算出来正数？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-8-5 15:38
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-8-5 15:49 编辑

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 15:33
就当前这个模型这个计算参数，还有没有什么可能正常算出来正数？

就不应当出现正数呀。
这里有正数很奇怪很奇怪。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-5 15:40

Stardust0831 发表于 2025-8-5 15:38
就不应当出现负数呀。
这里有负数很奇怪很奇怪。

他这里的相互作用能是复合物减去孤立结构的，所以如果两个分子能够结合在当前这种（文献SI写了）计算公式，那么负数是正常的。正数才让我很费解

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-8-5 15:49

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 15:40
他这里的相互作用能是复合物减去孤立结构的，所以如果两个分子能够结合在当前这种（文献SI写了）计算 ...

错别字了，改了改了

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-5 18:06
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-8-5 18:37 编辑

这句The initial stable polysulfide molecule was obtained by Molecular mechanics (MM) method and Gaussian 09 package是什么意思？拿分子力场做了多硫负离子链构象搜索，结合位点构型搜索，还是单纯的几何优化？连力场参数都没提，如何验证对多硫负离子是否可靠？

计算结合能时in the gas phase也有问题，毕竟反应涉及Li+、[S6]2-等各种离子，介电环境可能对结合能正负这种定性结论都有影响，更别说定量精度了（虽然溶液环境的BSSE不好严格处理，但我觉得相比隐式溶剂模型带来的误差而言BSSE算是次要因素）。说到离子的问题，为什么COF上的磺酸基没有电离出质子，但是多硫负离子又没有被质子化？如果摆一个COF通过磺酸基氢键和[S6]2-联系的结构，会不会又算出来负的结合能？以及有没有可能COF只是单纯吸附/结合/嵌入Li+离子，而未必和多硫负离子有吸引的相互作用呢（原文有一句The SCOF-2 tethered with the concentrated sulfonic group could act as an ionic sieve for repelling polysulfide anions, adsorbing molecular LiPSs, and simultaneously facilitating Li+ migration）？

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-5 19:16

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-5 18:06
这句The initial stable polysulfide molecule was obtained by Molecular mechanics (MM) method and Gaus ...

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-8-27 09:00

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 14:50
也许吧。
毕竟是电池方向业内大佬的文章，我还是尽可能去相信其有什么深意是我没能揣摩出来的。

电池领域，如果是实验组的论文，上面的计算一个都不用信，我就几乎没见过对的，一次都没有。很多甚至连本的化学常识都可以看出是错的。基本他们都是凑数据的，根本不管对不对。

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-8-27 09:06

ABetaCarw 发表于 2025-8-5 19:16
**** 本内容被作者隐藏 ****

实话来说，很可能真是编的，可能是主动编的，也可能是不知道的情况下编的（很多都是找代算做的，不少代算就随便糊弄，甚至编个数）。。。反正电池组的实验论文，上面的计算别信就是了。

我之前还看到过一个很经典的，甚至连原子数都和结构对不上，还在那儿一本正经胡说八道（一篇AFM上的）。
之前一个计算的人，可能还比较有原则，给一个搞电池的大佬发了一个邮件，翻译过来，大概意思就说“你们所有论文，我都看了，计算结果没有一个对的。”，然后委婉说了一句“可能你们负责计算的学生没有理解实验的意思，希望你们能改正这些计算结果”

作者
Author: wudiazhu 时间: 2025-8-27 11:33
没做构象搜索，或单纯没做结构优化吧，再怎么着S62-也应该“缠绕”在COF的外围，和COF的多个H作用

作者
Author: Graphite 时间: 2025-8-28 22:59

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-8-29 08:34

Graphite 发表于 2025-8-28 22:59
**** 本内容被作者隐藏 ****

AFM我也看过不少，上面实验论文的里面计算部分，我目前还没见过对的

作者
Author: 牧生 时间: 2025-8-29 08:50
本帖最后由牧生于 2025-8-29 08:58 编辑

个人愚见，如有不妥，请指正

MD跑出来的结构，比如100℃的水，某些两个水分子间有斥力的时候，直接算这两个水分子间的结合能，算出来就应该是正的啊。
如果把这两个水分子拿出来重新再优化一遍，消除了斥力，得到负值，反而就不对。

置于这篇文章中的结合能为正，我倒是认为有点值得商榷

作者
Author: pal 时间: 2025-8-29 08:58

牧生发表于 2025-8-29 08:50
个人愚见，如有不妥，请指正

MD跑出来的结构，比如100℃的水，某些两个水分子间有斥力的时候，算出来就 ...

问题是分子动力学这样跑出来的结果不做统计平均拿出某一帧的构型去算相互作用能也没啥意义啊，

作者
Author: 玉米猫 时间: 2025-8-29 17:40
这个COF孔径不到一个纳米，孔结构另一半不能被忽视啊。再简化也要用一层的六元环来相互作用吧……第一个构象S6离子都去哪了，算相互作用用B3LYP还没加D3校正

作者
Author: Ferrocene 时间: 2025-8-30 11:54
多年前听过一个计算大佬的报告，所有多硫化锂都是分立的干干净净规规矩矩的zigzag型Li-S-S…S-Li结构，没有显式溶剂，没有多聚，不知道是优化出来就这样还是拍脑袋拍出来的

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2025-8-30 21:44

chenzhe 发表于 2025-8-27 09:06
实话来说，很可能真是编的，可能是主动编的，也可能是不知道的情况下编的（很多都是找代算做的，不少代算 ...

我曾给一篇计算极其离谱的顶刊文章的所有通讯作者发邮件，告知其计算有严重错误，影响学术羽毛那种。然后几个通讯作者屁都不放一个。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-8-30 23:18
怎么这帖又被翻出来了……只能说很可惜，真正懂计算的专家的时间精力和机时资源相对有限，难以一个个重复计算揪出非专业计算文章的疏漏讹误，不知像http://bbs.keinsci.com/thread-52582-1-1.html那样公开讨论严谨批判的有多少。另外我也在http://bbs.keinsci.com/thread-55355-1-1.html问了个部分相关的问题。

作者
Author: 287192454 时间: 2025-8-31 09:29
学习一下

作者
Author: 卡开发发 时间: 2025-8-31 13:54

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-30 23:18
怎么这帖又被翻出来了……只能说很可惜，真正懂计算的专家的时间精力和机时资源相对有限，难以一个个重复计 ...

这个很难说。有时候可能确实会受到表征手段/构象可能性的限制，计算只能进行一些有代表性的模型的研究，同时实验手段的不完善也会造成研究者对对实验现象的解读可能都天差地别，计算更是类似于瞎子摸象；也有一些比如铁表面吸附，我也见过高斯抠团簇B3LYP做的，显然不太妥当。

目前没有如何界定一些问题主观性的规则，而一些科技发展也离不开观点的争论。Emmm...还是说争论吧，很多问题谈不上批判，有些所谓的批判其实只是为批而批，实际上在他人看来存在问题而不自知罢了。这种问题或许我自己也存在，但无妨我就事论事说一点自己的观点。

其实要深究（或许不需要深），论坛上的帖子你就能挖掘到一些问题，有些是真的敢做，甚至还有一个敢教一个敢做的。说多了都是得罪人[doge]。

作者
Author: DavyHou 时间: 2025-9-10 13:46

chenzhe 发表于 2025-8-27 09:00
电池领域，如果是实验组的论文，上面的计算一个都不用信，我就几乎没见过对的，一次都没有。很多甚至连本 ...

好多实验文章中的计算就是凑数据的。但好多实验文章中的表征和性能也有问题，他们做一批材料，然后AFM一个材料，性能测试一个材料。然后把最好的部分拼在一起成为一篇文章。

作者
Author: JCenter 时间: 2025-9-10 17:09
本帖最后由 JCenter 于 2025-9-10 17:12 编辑

一般按理说，体系AB中有静电吸引的组成部分，很容易产生结合能小于0的情况。他这个估计也没做构型搜索。像是随便搭了个结构，通过优化到极小值接计算能量了。此外，他计算结合能前不得先计算一下其环境下的结合自由能。如果结合自由能都大于0了，他计算这个结合能都没啥意义了。哪怕结合能小于0，但是如果自由能大于0，都没法自发结合，谈何相互作用能的值呢

作者
Author: fineren 时间: 2025-9-17 11:06

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-8-5 18:06
这句The initial stable polysulfide molecule was obtained by Molecular mechanics (MM) method and Gaus ...

锂电池不可能有水，所以磺酸未必解离出H

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