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标题: 求助电解液体系能量最小化得到的gro文件，VMD观察不到Li+ [打印本页]

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Author: Wxh18130507355 时间: 7 day ago
标题: 求助电解液体系能量最小化得到的gro文件，VMD观察不到Li+
sob老师您好，本人是计算小白刚上手，学习gromacs比较吃力，在此希望能够得到您的答复！我的电解液体系是使用MS构建的（密度为0.93818，一共4710个原子，其中含有260个四氢吡喃分子，50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子，10个硝酸根离子，60个锂离子，均是通过高斯单独优化的），使用Multiwin构建的chg文件，使用sobtop构建的itp文件（锂离子基于UFF力场，四氢吡喃分子使用例二Sobtop (sobereva.com)该方法基于GAFF力场，硝酸根与双氟磺酰基酰亚胺阴离子使用例一Sobtop (sobereva.com)方法），然后top文件均incloud了这四个itp文件，输入结构文件使用的MS转存的PDB格式文件，参数文件使用的 sob老师您推荐的适合绝大部分体系的em.mdp文件，然后正常运行是没有任何报错的，所有相应文件已上传。这里有两个问题想请求sob老师帮忙解答一下。

问题1：运行结束后得到的em.gro文件使用记事本打开是没有原子丢失的，4710个原子的信息都在，其他的原子使用VMD都能够显示，但是却观察不到任何一个锂离子，请问sob老师，这是能量最小化的过程中锂离子丢失了嘛，是结构的不稳定还是em.mdp参数文件不对，我应该如何解决呢？

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问题2：我正常运行没有报错，但是最后的结果却离收敛精度相差甚远，是不是由于我的体系过大，原子数过多难以收敛，还是说与问题一相关，参数文件与我的体系很不符合，恳请sob老师解答一下

！

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Author: Stardust0831 时间: 7 day ago
本帖最后由 Stardust0831 于 2025-8-5 15:24 编辑

别自己在标题上写“#求助帖#gromacs#”这种标签。
阴离子和阳离子成对一起加到box里。一开始的box尽可能大一点，最后靠NPT来使体系密度合理；也可以分多批次加这些阴离子和阳离子对，不要一口气全加进去。
见http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4

再顺带一提，在使用Packmol等程序构造离子液体凝聚相模型时，个人比较推荐把阴阳离子对作为一个整体来插入，而不建议阴、阳离子单独插入，否则产生的结构文件里可能恰好有的地方阳离子非常密集、有的地方阴离子非常密集。如果真出现了这种情况，模拟一开始，带相同电荷的离子间会产生强烈的静电互斥，可能造成动力学不稳定甚至崩溃。而阴阳离子作为一对来插入的话，至少保证了每个离子旁边有个相反电荷的离子，不至于出现局部静电互斥特别大的情况。别忘了top里的[ molecules ]字段中离子出现顺序要和结构文件里相一致。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 7 day ago

Stardust0831 发表于 2025-8-5 15:22
别自己在标题上写“#求助帖#gromacs#”这种标签。
阴离子和阳离子成对一起加到box里。一开始的box尽可能大 ...

非常感谢sob老师的回答！我现在就去试试！

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Author: Stardust0831 时间: 7 day ago

Wxh18130507355 发表于 2025-8-5 15:44
非常感谢sob老师的回答！我现在就去试试！

我不是sob老师呀hhh
标题记得改掉“#求助帖#gromacs#”这种标签，不然一会sob老师看到了可能会说你

作者
Author: sobereva 时间: 7 day ago
别试图手写#求助帖#gromacs#这种标签，会扰乱论坛形象。给你去掉了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 7 day ago
Li+不该用UFF力场。认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ20“FAQ 20：什么物质不适合用sobtop产生拓扑文件？”

1 VMD里用恰当的选择语句对representation进行设置，必定能显示出任何一个原子，仔细看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

2 属于老生常谈的问题，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:23
Li+不该用UFF力场。认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ20“FAQ 20：什么物质不适合用sobtop产生拓 ...

好滴，谢谢sobl老师！

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Author: Wxh18130507355 时间: 6 day ago

sobereva 发表于 2025-8-5 22:23
Li+不该用UFF力场。认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ20“FAQ 20：什么物质不适合用sobtop产生拓 ...

老师您好，我看您说的http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20这个网址中确实包含有Li+的itp文件，但是在itp里面没有LI+的atomtype参数，这个信息从哪里获取呀？

作者
Author: sobereva 时间: 6 day ago

Wxh18130507355 发表于 2025-8-6 21:49
老师您好，我看您说的http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20这个网址中确实包含有Li+的itp文件，但是在 ...

引用AMBER力场目录下的forcefield.itp（里面的nonbonded.itp里定义了Li+的atomtype），以及引用ions.itp

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Author: Wxh18130507355 时间: 5 day ago

sobereva 发表于 2025-8-6 23:36
引用AMBER力场目录下的forcefield.itp（里面的nonbonded.itp里定义了Li+的atomtype），以及引用ions.itp

好滴！谢谢老师！

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Author: Wxh18130507355 时间: 5 day ago

sobereva 发表于 2025-8-6 23:36
引用AMBER力场目录下的forcefield.itp（里面的nonbonded.itp里定义了Li+的atomtype），以及引用ions.itp

sob老师，您说的AMBER力场目录下的forcefield.itp，这个网址可以麻烦您分享一下嘛，我没有找到

作者
Author: sobereva 时间: 5 day ago

Wxh18130507355 发表于 2025-8-7 12:12
sob老师，您说的AMBER力场目录下的forcefield.itp，这个网址可以麻烦您分享一下嘛，我没有找到

gromacs目录/share/gromacs/top下的相应力场目录下

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